タグ付けされた質問 「computational-chemistry」

私は最近、メタ現象の定式化に遭遇しました：「2つは簡単、3つは難しい」（Federico Poloniによってこのように言い換えられます）。 特定の問題が2つのエンティティに対して定式化されると、比較的簡単に解決できます。ただし、3エンティティの定式化のアルゴリズムでは、難易度が大幅に増加し、場合によってはソリューションを実現不可能または実現不可能にすることもあります。 （フレージングをより美しく、簡潔で、正確にするための提案を歓迎します。） 計算科学のさまざまな分野（純粋な線形代数から始まり、包括的なターム計算物理学で終わる）の良い例は何ですか？

29 linear-algebra  computational-physics  computational-geometry  computational-chemistry 

ついに、新しく発見された分子実体上で原子がどのように空間的に配置されているかを見つけることができました。たとえば、分光学的手段により、分子の原子座標、原子タイプ、結合長、結合タイプ、その他の一連の原子を手に入れることができます。ここで、分子のポイントグループ（対称グループ）を決定することに興味があります。 メタン（）やベンゼン（）のような単純な分子の場合、分子が属する点群を決定するのは視覚的な検査の簡単な問題です。ただし、分子が少し大きい場合、これはあまり実現できません。TdTdT_dD6 時間D6hD_{6h} 分子が便利なデータ形式（* .pdb、*。molなど）で保存されている場合、分子の対称グループをアルゴリズムでどのように決定しますか？

17 computational-chemistry 

ウィキペディアで計算科学について読みましたが、私の理解はあまり明確ではありません。 計算科学にはプログラミングが含まれますか？計算科学は、ブランクが任意の学問分野（材料科学、工学、化学、生物学など）になる可能性のある計算_ ____とどの程度違いますか？（私は計算材料科学をやっています。）

16 computational-chemistry  education 

具体的には、B3LYPに関連する作業をGau​​ssian 03から始めましたが、GAMESS-USで続けました。デフォルトのB3LYPメソッドによって提供されるエネルギーは同じではありません。これについては、GAMESS-USマニュアル（詳細情報セクション）で説明されています。 GAMESSのB3LYPは、VWN5電子ガス相関汎関数に一部基づいていることに注意してください。ローカル相関に関するVWNペーパーで言及されている2つの可能なパラメーター化を含む5つの式があるため、他のプログラムは他の選択肢を使用し、したがって異なるB3LYPエネルギーを生成します。たとえば、NWChemのマニュアルでは、「既定のモンテカルロパラメーターではなく、RPAパラメーターで機能するVWN 1」がデフォルトとして使用されています。このVWN1フォーミュラをB3LYPハイブリッドで使用する場合は、単に「DFTTYP = B3LYP1」を選択します。 デフォルトはGAMESSとNWCHEMで異なり、GAMESSにNWCHEMがデフォルトで行っているのと同じ計算をさせるオプションがあると言います。 G03とGAMESS B3LYPの計算を一致させるにはどうすればよいですか？ さまざまなソフトウェアパッケージのB3LYPのデフォルト実装とその機能の違いは何ですか。つまり、B3LYPの定義/実装を調整できますか？

15 computational-chemistry  density-functional-theory 

カウンターポイズ補正とは何ですか？必要な時期とその理由を説明できますか？

15 computational-chemistry  basis-set 

分子が非結合破壊状態にある場合、Hartree-Fockが平衡ジオメトリを計算するための適切な近似ではない場合はありますか？

14 computational-chemistry  hartree-fock 

私はプログラミングが初めてで、最初の大きな問題を解決し、最初の大きなプログラムを作成しようとしています。私は学習するコードのオープンソースの例を探しましたが、これまでのところ、私が完全に理解していない言語、または関連するがまだあまりにも遠い言語のコードのみを見つけました。ここでいくつかの概念的な手順を実行するのに問題があります。 私は、小さな有機分子を構築し、修正し、後で表現するための簡単なソフトウェアを作りたいです。これは主に学習課題です。ユーザーは、SMILES文字列を指定するか、スターター分子の基本セットから選択し、グラフィカルに、またはテキスト入力構文を介してその分子を構築できます。しかし、私はまだ複雑さのその時点ではありません。クラス/オブジェクトを作成して分子を保存する方法を完全に理解することすらできません。だから、私の質問は簡潔に：すべてのレベルの情報を保持しながら分子を構築するためにクラス/オブジェクトをどのように使用し、どのオブジェクトの属性としてどのデータ構造を使用する必要がありますか？また、オブジェクトを他のオブジェクトの属性にすることはできますか？ これまでの私の思考の流れは次のとおりです。「分子」クラス、次に「アトム」クラス/サブクラス、「ボンド」サブクラス、そしておそらく「FunctionalGroup」サブクラスも考えていました。始めるには良い場所のように思えますが、OOPを誤解しているのかもしれませんが、これは悪いことです。しかし、その後、私の問題は本当に混乱します（私にとって）。これらの概念/アイデア/クラスはすべてありますが、分子を表現するためにどのデータ構造が必要かを完全には把握していません。原子のリストがあればいいでしょう。そのリストはAtomオブジェクトのリストですか？接続性を保存する方法も必要です。2Dマトリックスは、結合位置がマトリックス位置の整数であるため、良いアイデアのようです。 この時点で、私は仕事に圧倒され始めています。これまでにやっていることはすべて理にかなっていますか？この上に表示/描画アスペクトを追加することは、これらの多くのことを書き直し/再作業する必要があることを意味するかもしれませんが、少なくとも関連するデータで分子を保存してからアクセスできるポイントに到達しようとしていますチェック/変更するデータ。Pythonでこれを行うことを考えていたので、コード/クラスはおそらく次のようになります：http : //pastebin.com/uUi1BMzr おそらくこれはStackOverflowのプログラミングの質問かもしれませんが、ここに行くのに十分具体的だと思いました。私が概念的な失敗をした場所を指摘しただけでも、どんな援助も大歓迎です。前もって感謝します。

12 computational-chemistry  python  visualization 

タンパク質は通常、漫画の形で表され、βシートが矢印、αヘリックスがコイルになります。 私は、この表現の構築を説明する参照がどこかにあるのだろうか？つまり、これらのグラフィックスを構築するためにどの数学オブジェクトが使用され、どの原子/方向に構築されますか？

12 computational-chemistry  visualization 

3Dの点のいくつかのDelaunayテッセレーションに対応するグラフを列挙するアルゴリズムはありますか？ ある場合、「Delaunay graph」に対応するジオメトリの効率的なパラメーター化はありますか？ 結合などの先験的な知識がなくても、指定された組成の分子のすべての安定したジオメトリを体系的に列挙したいと考えています。 編集：をN個の頂点を持つグラフのセットとします。LET D ：R 3 N → G NはマップであるN個の点R 3GNGNG_NNNND:R3N→GND:R3N→GND: \mathbb{R}^{3N} \to G_NNNNR3R3\mathbb{R}^3次元における前記点のドロネーテッセレーションに対応するグラフです。 D （R 3 N）を列挙する方法D(R3N)D(R3N)D(\mathbb{R}^{3N})（効率的に）ですか？ さらに、Aグラフ所与、どのようにパラメータ化することができD - 1（グラム）g∈Gng∈Gng\in G_nD−1(g)D−1(g)D^{-1}(g)（効率的に）？ 編集：2Dの例：4ポイントの場合、2つのドロネーグラフがあります。 1−╲2|4−╱3 and 1|3−×−2|41−2−3╲|╱4 and 1−2|×|3−4 \begin{matrix} 1 & - & 2 & - & 3 \\ &\diagdown &| & \diagup\\ &&4 \end{matrix}\mbox{ and } \begin{matrix} …

12 algorithms  computational-chemistry  delaunay-triangulation 

現在、Matlabを使用して1dおよび2d画像を作成し、特定のモデルとの精度を比較しています。私の方法を標準のGaussian .wfnモデルと比較する必要があり、分子とラプラシアンの密度を分析することでそれを行います。 私は、.wfn近似の近似（おそらく等高線マップを使用して）の違いの2次元画像を生成することに関心があり、2つの原子間の結合経路と直接線に沿った特性（密度、ラプラシアンなど）にも関心があります。 前に述べたように、私は現在、Matlabを使用して画像を作成していますが、これらの画像は主に私と同僚のためのものです。それらは、私が論文や他の出版物でよく目にするタイプの画像ではないようです。 出版品質のグラフと画像を作成するには、どのようなソフトウェアを使用する必要がありますか（または他のユーザーが使用しますか）？

11 matlab  computational-chemistry  publications 

通常モードではない分子振動を視覚化したいと思います。動きの静的なベクトル表現を提示したいのですが、ベクトルスタイル（サイズ、色など）に柔軟性を持たせたいと思います。また、振動のビデオを作成することに興味があります。 分子振動を表示するための優れたリソースは何ですか？ 私の好みはオープンソースツールですが、もしそれが他の選択肢よりも本当に優れていれば、商用ソフトウェアを使って楽しませます。

11 computational-chemistry 

時間に依存しない電子シュレディンガー方程式を解くハートリーフォック自己無撞着場法では、スピンの選択に関して外部場の電子系の基底状態エネルギーを最小化しようとします軌道、。 { χ I }E0E0E_{0}{ χ私}{χ私}\{\chi_{i}\} これを行うには、1電子ハートリーフォック方程式 ここで、は電子スピン/空間座標、は軌道固有値、はFock演算子（1電子演算子） 、 （ここでは総和が核に渡っており、は核Aの核電荷であり、は電子と原子核間の距離）。XIIε F I fは iが=-1f^私χ （x私）= ε χ （X私）f^私χ（バツ私）=εχ（バツ私）\hat{f}_{i}\chi(\mathbf{x}_{i})=\varepsilon\chi(\mathbf{x}_{i})バツ私バツ私\mathbf{x}_{i}私私iεε\varepsilonf^私f^私\hat{f}_{i} ZAriAiAV H F if^私= − 12∇2私− ∑A = 1MZあr私+ VH F私f^私=−12∇私2−Σあ=1MZあr私あ+V私HF\hat{f}_{i} = -\frac{1}{2}\nabla^{2}_{i}-\sum_{A=1}^{M}\frac{Z_{A}}{r_{iA}}+V^{\mathrm{HF}}_{i}ZあZあZ_{A}r私r私あr_{iA}私私iああAVH F私V私HFV^{\mathrm{HF}}_{i}は、システム内の他のすべての電子によって電子感じる平均電位です。以来、スピン軌道に依存している、他の電子の、我々はフォックオペレータはそれの固有関数に依存していると言うことができます。A. SzaboとN. Ostlundによる「Modern Quantum Chemistry」、54ページ（初版）には、「Hartree-Fock方程式（2.52）は非線形であり、反復的に解かなければならない」と書かれています。私は私の研究の一部としてこの反復解の詳細を研究しましたが、この質問については、メソッドの基本構造を述べることを除いて、それらは重要ではないと思います：V H F I χ jを私私iVH F私V私HFV_{i}^{\mathrm{HF}}χjχj\chi_{j} スピン軌道初期推定を行い、を計算します。V H F I{ χ私}{χ私}\{\chi_{i}\}VH F私V私HFV_{i}^{\mathrm{HF}} これらのスピン軌道について上記の固有値方程式を解き、新しいスピン軌道を取得します。 自己矛盾のない状態になるまで、新しいスピン軌道でこのプロセスを繰り返します。 …

10 computational-chemistry  iterative-method  convergence  hartree-fock 

一部の基底関数セットは、「相関の一貫性がある」と言われています。実際にはどういう意味ですか？

10 computational-chemistry  basis-set 

私は、陰的有限差分法を使用して、木材シリンダー内の熱伝導をモデル化しようとしています。円筒形と球形に使用している一般的な熱方程式は次のとおりです。 ここで、pは形状係数です。円柱の場合はp = 1、球の場合はp = 2です。境界条件には、表面での対流が含まれます。モデルの詳細については、以下のMatlabコードのコメントを参照してください。 メインのmファイルは次のとおりです。 %--- main parameters rhow = 650; % density of wood, kg/m^3 d = 0.02; % wood particle diameter, m Ti = 300; % initial particle temp, K Tinf = 673; % ambient temp, K h = 60; % heat transfer coefficient, W/m^2*K % …

8 matlab  matrix  finite-difference  computational-chemistry  implicit-methods 

暗黙的な溶媒和モデルの溶媒和パラメーターの影響をテストし、どのコードが小さなタンパク質のタンパク質フォールディングのスタンドアロンプ​​ログラムとして自由に利用できるか、そしてダイナミクスの代わりにエネルギー最小化アプローチを使用するので、分子動力学コードを探していません。

8 computational-chemistry  computational-biology