タンパク質の折りたたみを研究するためのオープンソースコードはありますか？

暗黙的な溶媒和モデルの溶媒和パラメーターの影響をテストし、どのコードが小さなタンパク質のタンパク質フォールディングのスタンドアロンプ​​ログラムとして自由に利用できるか、そしてダイナミクスの代わりにエネルギー最小化アプローチを使用するので、分子動力学コードを探していません。

最も人気のある分子動力学コードがされNAMDとGROMACS、そしておそらくもデズモンド。これらのパッケージは無料で入手でき、ソースコードを無料で入手できるという意味で「オープンソース」です。ウィキペディアには、分子モデリング用のソフトウェアのリストがあり、他の優れたリンクが含まれている場合があります。

ただし、これらのコードも非常に複雑であるため、新しい溶媒和モデルをテストするなど、独自の変更を加える場合は、コードを理解しようとするだけでかなりの時間がかかる可能性があります。使いやすさが速度よりも優先される場合（おそらく、フォールディングのタイムスケールを調べている場合は完全ではない）、mmtkを確認すると、プログラムでPythonのカスタム分子動力学シミュレーションを実行できます。

スピードに関心があるが、本格的なシミュレーションパッケージのすべてではないが興味がある場合は、OpenMMやmdcoreなどの分子動力学ライブラリにも興味がある可能性があります（免責事項：mdcoreは私の独自のソフトウェアプロジェクトです）。ただし、これらはあなた自身の側でかなり多くのプログラミングを必要とします。

ほかペドロさんの提案、あなたも見て可能性があり、量子エスプレッソとりわけを可能にし、カーパリネロ計算。これは（または少なくとも）Fortran 90で書かれています。

「エネルギー最小化」という用語は通常、ポテンシャルエネルギーの最小化を指します。タンパク質の折りたたみシミュレーションでは、自由エネルギーを最小限に抑える必要があります。展開されたタンパク質に対して単純なエネルギー最小化を実行すると、すぐに極小値に陥ります。したがって、おそらく分子動力学が必要であり、エネルギーを徐々に低下させるために、シミュレーテッドアニーリングなどのプロトコルを使用します。ソフトウェアの提案については、ペドロによる回答を参照してください。

素晴らしいGUIを備えたパズルゲームのように見えるfolditと呼ばれる興味深いプログラムもありますが、バックグラウンドでは実際にタンパク質の折りたたみを研究しています。