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具体的には、B3LYPに関連する作業をGau​​ssian 03から始めましたが、GAMESS-USで続けました。デフォルトのB3LYPメソッドによって提供されるエネルギーは同じではありません。これについては、GAMESS-USマニュアル（詳細情報セクション）で説明されています。 GAMESSのB3LYPは、VWN5電子ガス相関汎関数に一部基づいていることに注意してください。ローカル相関に関するVWNペーパーで言及されている2つの可能なパラメーター化を含む5つの式があるため、他のプログラムは他の選択肢を使用し、したがって異なるB3LYPエネルギーを生成します。たとえば、NWChemのマニュアルでは、「既定のモンテカルロパラメーターではなく、RPAパラメーターで機能するVWN 1」がデフォルトとして使用されています。このVWN1フォーミュラをB3LYPハイブリッドで使用する場合は、単に「DFTTYP = B3LYP1」を選択します。 デフォルトはGAMESSとNWCHEMで異なり、GAMESSにNWCHEMがデフォルトで行っているのと同じ計算をさせるオプションがあると言います。 G03とGAMESS B3LYPの計算を一致させるにはどうすればよいですか？ さまざまなソフトウェアパッケージのB3LYPのデフォルト実装とその機能の違いは何ですか。つまり、B3LYPの定義/実装を調整できますか？

15 computational-chemistry  density-functional-theory 

理論的には、密度汎関数理論（DFT）計算を行う時間は、電子の数にどのように比例しますか？O（N）コードではなく、VASP、ABINITなどの「典型的な」DFT実装に興味があります。

11 density-functional-theory 

私はテスト目的で水の分子動力学シミュレーションを実行しています。古典的なMDを実行している人に尋ねると、ボックスはかなり小さく、DFTの人に尋ねると比較的大きくなります。周期的な境界条件で58の水分子があります。 CPU時間を節約するために、ab initio MDを実行する前に、古典的な力場でセルを最適化しています。私はシステムを古典的に300Kで1 ns平衡化し、最後のスナップショットを取得してab initio MDの入力として使用します。私のab initio MDは通常のDFTベースのBorn-Oppenheimer MDで、平面波基底セットとPAW（疑似）ポテンシャル（VASPがコード）を持っています。古典的シミュレーションとab initioシミュレーションの両方で、速度再調整サーモスタットを使用して温度を300Kで一定に保っています。 私は、クラシックとab initioの間の移行を行う2つの異なる方法を調査しています。 古典的な軌道から初期速度と位置を取得し、それらをab initioシミュレーションの初期構成としてインポートします 古典的な位置を維持しながらシステムをゼロ温度に凍結し、それをDFTコードにインポートして、すぐに（現時点では0.5 psで実行しています）300Kまで加熱します。 特に、開始時の構成が上記の温度トリック（初期速度が異なる）を除いてまったく同じ（同じ初期位置）であることを考えると、両方の戦略が短い（たとえば10 ps）平衡期間後に同じ平均エネルギーにつながることを期待していました。これはそうではありません。以下の図は、システムが凍結されてから急速に加熱されるシミュレーションが、他のエネルギー領域よりも約1 eV低いエネルギー領域を見つけ、速度が古典的なMDからインポートされたことを示しています。 私の質問は： これが期待されるかどうか; クラシックからab initio MDへの移行を最適化する既知の成功した戦略はありますか。 そして、あなたはその問題に関する適切な文学に私を向けることができますか？ 編集： 私はさらにいくつかのテストを実行しており、現時点でデータが限られているため、これはシステム固有の問題である可能性があります。同じサイズのボックス内で水ではなくメタノールを使用したテストでは、2つの異なる初期速度スキームが同じ平均エネルギーにすぐに収束することがわかりました。ただし、メタノールの場合、古典的な構成は量子構成に非常に近くなりました。つまり、t = 0のエネルギーは収束後の平均エネルギーに非常に近くなりました。水は悪名高い難しいシステムであるため、この問題は多かれ少なかれ水特有のものです。回答が追加されていない場合、すべてのテストが終了したら、結果に基づいて回答を投稿してみます。

9 molecular-dynamics  density-functional-theory 

この質問は、密度汎関数理論の制限に関するレッスンを計算手法として準備する必要があるために生じました。制限だけでなく、より魅力的で完全なレッスンを準備するために使用できる参照テキストも知りたいです。 ありがとう

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