分子振動を視覚化するために利用できるオープンソースツールは何ですか？

通常モードではない分子振動を視覚化したいと思います。動きの静的なベクトル表現を提示したいのですが、ベクトルスタイル（サイズ、色など）に柔軟性を持たせたいと思います。また、振動のビデオを作成することに興味があります。

分子振動を表示するための優れたリソースは何ですか？

私の好みはオープンソースツールですが、もしそれが他の選択肢よりも本当に優れていれば、商用ソフトウェアを使って楽しませます。

うPYMOLやVMDあなたのビデオのニーズに適したツールであること？（VMDには少なくともTk / Tclスクリプト機能が含まれています。）VMDを使用するには、ジオメトリのPDBのような説明が必要です。これはおそらくPymolでも十分でしょう（ただし、私はPymolを使用したことがないので、おそらく他の誰かがそれについてコメントできます）。

私がそれをする方法は、おそらく次のようになります：

1. 分子構造を アボガドロに
2. ビューを希望どおりに設定します
3. POVRayにエクスポートに、レンダリングではなく入力ファイルを保持
4. POVRayファイルでどのアトムがどれであるかを調べる
5. シリンダーとコーンを使用してベクトルを追加します（おそらく、マクロを使用してベクトルを定義し、視覚的一貫性を高めて簡単にします）。

Avogadroは、POVRayとffmpegを使用して、XYZ形式の入力シーケンスをアニメーションにレンダリングすることもできますが、現時点ではWindowsを使用しているため、試みたものではなく、Avogadroには、povray実行可能ファイルを指定するオプションがないようですそれがあなたの道にない場合です。

繰り返しになりますが、Python愛好家かどうかによって、Avogadro Pythonコンソールを使用して原子にフォースを設定し、Avogadroでフォースベクトル表示を使用することもできますが、それは私が試したことではありません。

ただし、振動パラメータを直接入力して視覚化またはアニメーション化できる完全に便利なツールは知りません。

役立つかもしれない新しいVMDプラグインNMWizがあります。NMWizはノーマルモードウィザードの略ですが、振動を説明するベクトルを視覚化するのに役立ちます。NMWizは、VMDの最新バージョンである1.9.1で利用できます。これは現在ベータテスト中です。

NMWizの入力ファイル形式は、NMDと呼ばれる単純なものです。座標用の1行とベクトル用の別の行で十分です。矢印を表示、拡大縮小、サイズ変更、色付けを自由に行うことができます。また、オンザフライで軌跡を生成することでアニメーション（振動）を生成でき、VMDを使用して高品質のムービーを作成できます。

そのタスクのための既製の（「ポイントアンドクリック」）ツールを知りません。しかし、の組み合わせを使用して

1. 短いPythonスクリプト
2. 分子モデリングツールキット
3. キメラまたはVMD

Pythonの知識があれば、すぐに素晴らしい結果を得ることができます。実際、Molecular Modeling Toolkitの例として非常によく似たスクリプトが提供されています。Examples / Visualization / vector_field_chimera.pyまたはExamples / Visualization / vector_field_vmd.pyをご覧ください。通常モードの計算を、振動データをスクリプトに取り込むために必要なものに置き換える必要があります。

モレケルを調べましたか？（非分数の）振動の重ね合わせのみが必要な場合、モレケルはお客様のニーズを満たす必要があります。

NWChemには、xyz座標のリストをムービーに変換するスクリプトが含まれています。NWChemはApacheスタイルのライセンスの下でのOSSなので、好きなように再利用できます。

分子振動の可視化には、Molden、ECCE、Avogadro、およびJmolを使用します。すべてOSSです（ECCEはごく最近です）。あなたは彼らをハックしてあなたが望むことをすることができるかもしれません。