タグ付けされた質問 「mixed-model」

混合(別名マルチレベルまたは階層)モデルは、固定効果と変量効果の両方を含む線形モデルです。これらは、長期的またはネストされたデータをモデル化するために使用されます。

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時変共変量を持つ縦混合モデルでの同時および遅延効果のテスト
最近、これらの共変量にタイムラグを導入しないと、時変共変量を縦方向混合モデルに組み込むことはできないと言われました。これを確認/拒否できますか?この状況に関する参考資料はありますか? 明確にする簡単な状況を提案します。40人の被験者で量的変数(y、x1、x2、x3)の測定(たとえば30回以上)を繰り返したとします。各変数は、アンケートによって各被験者で30回測定されます。ここで、最終的なデータは、40の被験者にネストされた4 800の観測値(4変数X 30機会X 40被験者)になります。 個別にテストしたい(モデル比較用ではない): 同時(同期)効果:時間tのyに対する時間tのx1、x2、およびx3の影響。 遅延効果:時間tのyに対する時間t-1のx1、x2、x3の影響。 私はすべてが明確であることを望みます(私はネイティブスピーカーではありません!)。 たとえば、R lmer {lme4}では、遅延効果のある式は次のとおりです。 lmer(y ~ lag1.x1 + lag1.x2 + lag1.x3 + (1|subject)) ここで、yは時間tでの従属変数lag1.x1、個々のレベルでの遅れた独立変数x1などです。 同時効果の場合、式は次のとおりです。 lmer(y ~ x1 + x2 + x3 + (1|subject)) すべてが順調に進んでおり、興味深い結果が得られます。しかし、同期時変共変量を含むlmerモデルを指定するのは正しいですか、それとも何か見落としましたか? 編集: さらに、同時効果と遅延効果の両方を同時にテストすることは可能ですか?、 例えば : lmer(y ~ x1 + x2 + x3 + lag1.x1 + lag1.x2 + lag1.x3 …

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繰り返し測定anova:lmとlmer
私は両方lmとの間でlmer繰り返しの測定(2x2x2)でいくつかの相互作用テストを再現しようとしています。両方の方法を比較したいのは、繰り返し測定のSPSSのGLMがlmここに示したアプローチとまったく同じ結果をもたらすため、最後にSPSSとR-lmerを比較したいためです。これまでのところ、私はこれらの相互作用の一部を(密接に)再現することしかできませんでした。 私のポイントをよりよく説明するためのスクリプトを以下に示します。 library(data.table) library(tidyr) library(lmerTest) library(MASS) set.seed(1) N <- 100 # number of subjects sigma <- 1 # popuplation sd rho <- .6 # correlation between variables # X1: a a a a b b b b # X2: a a b b a a b b # X3: a …

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線形混合モデルの変量効果予測を手動で計算する
私は線形混合モデルからランダム効果予測を手作業で計算しようとしています、そして一般化された加法モデルでウッドによって提供された表記を使用しています:Rの紹介(pdfの294 / pg 307)、私は各パラメーターについて混乱していますを表します。 以下はウッドからの要約です。 線形混合モデルを定義する Y=Xβ+Zb+ϵY=Xβ+Zb+ϵ Y = X\beta + Zb + \epsilon ここで、B N(0、ψ)、及びε 〜 N(0、σ 2)∼∼\simψψ\psiϵ∼ϵ∼\epsilon \simσ2σ2\sigma^{2} bとyが結合正規分布の確率変数である場合 [by]∼N[[0Xβ],[ψΣybΣbyΣθσ2]][by]∼N[[0Xβ],[ψΣbyΣybΣθσ2]]\begin{align*} \begin{bmatrix} b\\ y \end{bmatrix} &\sim N \begin{bmatrix} \begin{bmatrix} 0\\ X\beta \end{bmatrix}\!\!,& \begin{bmatrix} \psi & \Sigma_{by} \\ \Sigma_{yb}& \Sigma_{\theta}\sigma^{2} \end{bmatrix} \end{bmatrix}\\ \end{align*} RE予測は、 E[ b ∣ y]= Σb yΣ− …

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R(lme4)との混合効果を示すためにデータをシミュレートする方法は?
この投稿に対応するものとして、私は連続変数を使用したデータのシミュレーションに取り組み、相関する切片と勾配を利用しました。 このトピックに関するサイトやサイト外への投稿はたくさんありますが、実際の単純なシナリオに対応するシミュレーションデータを使った最初から最後までの例を見つけるのは困難でした。 したがって、問題は、これらのデータをどのようにシミュレートし、で「テスト」するかlmerです。多くの人にとって新しいものはありませんが、混合モデルを理解するために検索している他の多くの人にとっておそらく有用です。

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混合効果モデルのモデルマトリックス
ではlmer内機能lme4でRランダム効果のモデル行列を構築するための呼び出しがあり、、のように説明し、ここ 9 -ページ7。ZZZ 計算には、2つの行列および KhatriRaoおよび/またはKronecker積が伴います。 ZZZJiJiJ_iXiXiX_i マトリックスは一口です:「グループ化因子インデックスのインジケーターマトリックス」ですが、より高い階層レベルに対応するユニット(たとえば、反復測定の対象)を選択するためのダミーコーディングを持つスパースマトリックスのようです。観察。マトリックスが共に「セレクタ」の組み合わせは、マトリックスを生じるように、下位階層での測定のセレクタとして機能するように思われ、形態の以下の例を介して紙に示します:JiJiJ_iXiXiX_iZiZiZ_i (f<-gl(3,2)) [1] 1 1 2 2 3 3 Levels: 1 2 3 (Ji<-t(as(f,Class="sparseMatrix"))) 6 x 3 sparse Matrix of class "dgCMatrix" 1 2 3 [1,] 1 . . [2,] 1 . . [3,] . 1 . [4,] . 1 . [5,] . . …

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相互作用のある混合効果モデル(lme4)に対するmultcomp :: glhtの事後テスト
R(lme4パッケージ)の線形混合効果モデルで事後テストを実行しています。私が使用していmultcompたパッケージ(glht()事後テストを実行する機能)。 私の実験計画は、ランダムなブロック効果を伴う反復測定です。モデルは次のように指定されます。 mymod <- lmer(variable ~ treatment * time + (1|block), data = mydata, REML = TRUE) ここにデータを添付するのではなくwarpbreaks、multcompパッケージ内で呼び出されたデータを使用しています。 data <- warpbreaks warpbreaks$rand <- NA 「ブロック」効果を模倣するためにランダム変数を追加しました: warpbreaks$rand <- rep(c("foo", "bar", "bee"), nrow(warpbreaks)/3) これは私のモデルを模倣しています: mod <- lmer(breaks ~ tension * wool + (1|rand), data = warpbreaks) 「追加のMultcompの例-2 Way Anova」の例を知っています。この例では、のレベル内の緊張レベルを比較しますwool。 反対のことをしたい場合はどうなりますか?woolのレベル内のレベルを比較してtensionください (私の場合、これは、時間のレベル(3-6、7、8月)内の処理レベル(2-0、1)を比較することになります。 これを行うために次のコードを考え出しましたが、機能していないようです(以下のエラーメッセージを参照)。 …

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混合効果モデルと固定効果モデルの比較(変量効果の有意性のテスト)
正の連続であると、およびカテゴリカルであるの3つの変数を考えるyとx、次のz2つの候補モデルが与えられます。 fit.me <- lmer( y ~ 1 + x + ( 1 + x | factor(z) ) ) そして fit.fe <- lm( y ~ 1 + x ) これらのモデルを比較して、どちらのモデルがより適切かを判断したいと思います。ある意味fit.feで内にネストされているように思えますfit.me。通常、この一般的なシナリオが当てはまる場合、カイ2乗検定を実行できます。ではR、次のコマンドでこのテストを実行できます。 anova(fit.fe,fit.me) 両方のモデルに(パッケージlmerから生成されたlme4)ランダム効果が含まれている場合、anova()コマンドは正常に機能します。境界パラメーターがあるため、通常は、結果として得られるカイ2乗統計量をシミュレーションでテストすることをお勧めします。それでも、シミュレーション手順で統計量を使用できます。 両方のモデルに固定効果のみが含まれている場合、このアプローチ---および関連するanova()コマンド---はうまく機能します。 ただし、上記のシナリオのように、1つのモデルにランダム効果が含まれ、削減モデルに固定効果のみが含まれる場合、anova()コマンドは機能しません。 具体的には、次のエラーが発生します。 > anova(fit.fe, fit.me) Error: $ operator not defined for this S4 class 上から(シミュレーションで)カイ二乗アプローチを使用することに問題はありますか?あるいは、これは単に、anova()さまざまな関数によって生成された線形モデルを処理する方法を知らないという問題ですか? 言い換えれば、モデルから導出されたカイ2乗統計量を手動で生成することが適切でしょうか?もしそうなら、これらのモデルを比較するための適切な自由度は何ですか?私の計算で: F= ((SSER …

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線形混合モデルの分散の残差診断と均一性
この質問をする前に、私は私たちのサイトを検索しましたし、同様の質問の多くを見つけ、(のようにここでは、ここでは、とここ)。しかし、これらの関連する質問は十分に対応または議論されていないと感じているため、この質問を再度提起したいと思います。こういう質問をもっとわかりやすく説明してほしいという聴衆がたくさんいると思います。 私の質問については、第一の線形混合効果モデルを考慮し、、線形固定効果成分である、対応する追加の設計行列でランダム効果パラメータ、。また、は通常のエラー項です。y=Xβ+Zγ+ϵy=Xβ+Zγ+ϵ \mathbf{y = X\boldsymbol \beta + Z \boldsymbol \gamma + \boldsymbol \epsilon} ZXβXβX\boldsymbol \betaZZ\mathbf{Z}ε 〜N (0 、σ 2 I)γγ\boldsymbol \gammaϵ ∼ N(0,σ2I)ϵ ∼ N(0,σ2I)\boldsymbol \epsilon \ \sim \ N(\mathbf{0, \sigma^2 I}) 唯一の固定効果因子は、3つの異なるレベルを持つカテゴリカル変数Treatmentであると仮定します。そして、唯一の変量効果因子は変数Subjectです。とはいえ、固定治療効果とランダムな被験者効果を持つ混合効果モデルがあります。 私の質問はこうです: 従来の線形回帰モデルと同様に、線形混合モデル設定に分散の仮定の均一性はありますか?もしそうなら、上記の線形混合モデル問題の文脈において、仮定は具体的に何を意味しますか?評価する必要がある他の重要な仮定は何ですか? 私の考え:はい。仮定(つまり、エラーゼロ平均、および分散が等しい)は、まだここからです:。従来の線形回帰モデルの設定では、「エラーの分散(または従属変数の分散のみ)は、3つの処理レベルすべてにわたって一定である」と仮定できます。しかし、混合モデル設定でこの仮定をどのように説明できるか迷っています。「分散は被験者の条件付けの3つのレベルで一定ですか?」ϵ ∼ N(0,σ2I)ϵ ∼ N(0,σ2I)\boldsymbol \epsilon \ \sim \ N(\mathbf{0, \sigma^2 I}) 残差と影響力診断に関するSASのオンラインドキュメント二つの異なる残差を育て、すなわち、限界残差、と条件付き残差、 私の質問は、2つの残差は何に使用されるのですか?それらをどのように使用して、均質性の仮定を確認できますか?私には、モデルのに対応しているため、均一性の問題に対処するために限界残差のみを使用できます。ここでの私の理解は正しいですか? R …

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ランダムな勾配を持つ混合モデルのクラス内相関係数
私は、次のモデル持っているm_plot装備lme4::lmerの参加者のために渡ったランダム効果(とlfdn()と項目をcontent): Random effects: Groups Name Variance Std.Dev. Corr lfdn (Intercept) 172.173 13.121 role1 62.351 7.896 0.03 inference1 24.640 4.964 0.08 -0.30 inference2 52.366 7.236 -0.05 0.17 -0.83 inference3 21.295 4.615 -0.03 0.22 0.86 -0.77 content (Intercept) 23.872 4.886 role1 2.497 1.580 -1.00 inference1 18.929 4.351 0.52 -0.52 inference2 14.716 3.836 …

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lmerTest :: anovaの自由度は正しいですか?RM-ANOVAとは大きく異なります
Rでの反応時間実験の結果を分析しています。 私は反復測定ANOVAを実行しました(2レベルの被験者内因子1つと2レベルの被験者間因子1つ)。私は同様の線形混合モデルを実行し、lmerの結果をを使用してANOVA表の形式で要約したいと思いましたlmerTest::anova。 誤解しないでください。同じ結果になるとは思っていませんでしたが、結果の自由度についてはわかりませんlmerTest::anova。それは、主題レベルでの集約のない分散分析を反映しているように思えます。 混合効果モデルの自由度を計算するのは難しいことを私は知っていlmerTest::anovaますが、更新されたものの1つの可能な解決策として言及されています?pvaluesトピック(lme4パッケージ)ます。 この計算は正しいですか?の結果はlmerTest::anova指定されたモデルを正しく反映していますか? アップデート:個人差を大きくしました。の自由度はlmerTest::anova単純なanovaとは異なりますが、なぜ被験者内因子/相互作用に対してそれらがそれほど大きいのかはまだわかりません。 # mini example with ANT dataset from ez package library(ez); library(lme4); library(lmerTest) # repeated measures ANOVA with ez package data(ANT) ANT.2 <- subset(ANT, !error) # update: make individual differences larger baseline.shift <- rnorm(length(unique(ANT.2$subnum)), 0, 50) ANT.2$rt <- ANT.2$rt + baseline.shift[as.numeric(ANT.2$subnum)] anova.ez <- ezANOVA(data = …

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混合モデルから予測を行うとき、変量効果に不確実性を組み込むことが難しいのはなぜですか?
R lme4とnlmeでの予測の信頼区間の取得について、R-sig-MEにはいくつかのスレッドがあります。たとえば、こことここ 2010年には、両方のパッケージの作成者の1人であるDougals Batesによる解説が含まれています。文脈から外されるのを恐れて、私は彼を逐語的に引用するのをためらいますが、とにかく、彼がする1つのコメントは 「あなたは予測にパラメーターと確率変数を組み合わせていますが、それらの予測の変動性を評価することの意味がわかりません。ベイジアンはそれを理解できるかもしれませんが、私はそれを理解することができません。 」 https://stat.ethz.ch/pipermail/r-sig-mixed-models/2010q1/003447.html Bayesian glmmパッケージMCMCglmmは、予測に対して信頼できる間隔を生成できることを知っています。 最近、lme4github のの開発バージョンにpredictメソッドが指定されましたが、次のコメントが付いています: "@note分散パラメーターに不確実性を組み込む効率的な方法を定義することが難しいため、予測の標準誤差を計算するオプションはありません。このタスクには\ code {\ link {bootMer}}をお勧めします。" https://github.com/lme4/lme4/blob/master/R/predict.R それで、頻度主義の設定で混合モデルから予測を行うとき、変量効果に不確実性を組み込むことが難しいのはなぜですか?

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ランダム効果を追加すると係数推定に影響します
変量効果は分散(誤差)にのみ影響し、固定効果は平均にのみ影響することを常に教えられてきました。しかし、ランダムな効果が平均にも影響を与える例を見つけました-係数推定: require(nlme) set.seed(128) n <- 100 k <- 5 cat <- as.factor(rep(1:k, each = n)) cat_i <- 1:k # intercept per kategorie x <- rep(1:n, k) sigma <- 0.2 alpha <- 0.001 y <- cat_i[cat] + alpha * x + rnorm(n*k, 0, sigma) plot(x, y) # simulate missing data y[c(1:(n/2), …

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混合効果モデルにおける連続ランダム因子の効果を理解する
観測が独立しておらず、部分的なプールのみであると効果的に想定して、ランダムな効果のレベルごとに観測の部分的なプールを実行するという点で、混合効果モデルに対するカテゴリーのランダムな効果の影響を理解しています。また、私の理解では、このようなモデルでは、同じ変量効果レベルを共有するが固定効果レベルが異なる観測値は、変量効果レベルと固定効果レベルの両方が異なる観測値を上回ります。 それでは、連続ランダム因子の影響は何ですか?ランダム効果のないモデルが固定効果の効果サイズXを示したとすると、固定効果のさまざまなレベルでの観測がランダム効果の連続体の遠端からのものである場合、効果サイズは次のように小さくなります。ランダムファクターを含むモデルですが、異なる固定ファクターレベルの観測値に同様のランダムエフェクト値がある場合、エフェクトサイズは増加しますか?

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観測48で革新的な異常値をARIMAモデルに組み込むにはどうすればよいですか?
私はデータセットに取り組んでいます。いくつかのモデル識別手法を使用した後、私はARIMA(0,2,1)モデルを思いつきました。 R detectIOのパッケージの関数を使用して、元のデータセットの48回目の観測で革新的な外れ値(IO)TSAを検出しました。 この外れ値をモデルに組み込んで、予測に使用するにはどうすればよいですか?Rではそれから予測を行うことができない可能性があるため、ARIMAXモデルを使用したくありません。これを行う方法は他にありますか? これが私の値です。 VALUE <- scan() 4.6 4.5 4.4 4.5 4.4 4.6 4.7 4.6 4.7 4.7 4.7 5.0 5.0 4.9 5.1 5.0 5.4 5.6 5.8 6.1 6.1 6.5 6.8 7.3 7.8 8.3 8.7 9.0 9.4 9.5 9.5 9.6 9.8 10.0 9.9 9.9 9.8 9.8 9.9 9.9 9.6 9.4 …
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