タグ付けされた質問 「computational-biology」

私のバックグラウンドはゲノミクスですが、最近、タンパク質構造に関連する問題に取り組んでいます。Cでいくつかの関連プログラムを作成し、プロセスの最初から独自のPDBファイルパーサーを作成しました。本当に堅牢なパーサーを作成することを心配していませんでした。自分で1つ作成することが、PDBフォーマットを本当に理解するように強制する最良の方法であると思いました。 このプロセスを完了したので、もう少し堅牢で成熟したものを探しています。Cで実装されているオープンソースのタンパク質構造ライブラリはありますか？私はGoogleでいくつかを見つけることができましたが、それらのどれも聞いたことがなく、それらはあまり成熟していないか安定しているようには見えません。少し関連する質問：誰もが実際にPythonを使用してこれらすべてのタイプの計算を行っていますか？または自作コード？ PS。私は基本的に、PDBファイルパーサー、結合角、結合長、ねじれ角、表面アクセス可能表面積などを計算するための関数を含むライブラリを探しています。

17 computational-biology  pdb  c 

私は数学生物学/疫学にかなり重点的に取り組んでおり、モデリング/計算科学のほとんどの作業はまだODEのセットに支配されており、明らかにかなり複雑なセットもあります。これらのモデルの利点の1つは、説明と複製がかなり簡単なことです。パラメータ値の表、および方程式自体と、あなたが研究を再現するために必要なすべての方法を、彼らがそれを実装したいと思う方法で誰かに与えました。 しかし、やや複雑なモデルが一般的になり始めています。特に、エージェントベースのモデルは、一連のODEで完全に記述されているとは限らないため、出版物で記述するのが難しく、複製するのが難しいようです。読者が何が起こったのかを理解し、比較的簡単に複製できるようにこれらのモデルを説明する背後に、ガイドラインまたは実際の経験がありますか？

14 ode  computational-biology 

私は、さまざまな生理学的プロセスが発生する、組織層の生物学的に正確な2D空間モデルを作成しようとしています。これには主に、化学反応、拡散、境界を超えるフラックスが含まれます。 私はこのモデルをCOMSOL Multiphysicsで作成しています。これは、反応拡散システムなどのさまざまな物理学を解く有限要素ソフトウェアパッケージですが、私の質問にはこれはあまり関係がないかもしれません。 私の形状では、組織層の細胞の間に本当に小さな領域があります。これらの領域は、セル（接合部）間で拡散が行われる開口部として機能します。ここではメッシュの品質はあまり良くありません。品質を向上させたい場合（主に要素を追加するなど）、シミュレーション時間が大幅に増加します。メッシュの品質が低いほど、収束に時間がかかります。アイデアを与えるために、ジオメトリの画像を追加しました。要素の品質と要素の数が16000〜50000の範囲で、さまざまなメッシュを試しました。 FEMの私のバックグラウンドは本当に限られており、この問題に次のような方法で取り組むことができるかどうか知りたいと思いました。 生物学に悪影響を及ぼさない（組織ドメインのサイズ/問題などを可能な限り生物学的に正確に保つ） シミュレーション時間を大幅に増やしませんが、 より良いメッシュ品質を与えます。私はすでにいくつかのことを考えているので、私は本当に行くための最良の方法が何であるかを知りたいです。 したがって、より品質の低いメッシュ（それほど悪くはないが、どちらでもない）を使用して、生物学的精度を最適化するために小さな領域を維持し、計算時間を比較的短くすることができます（そして、収束エラー）。しかし、おそらく私が見落としている可能性があるかもしれません。たとえば、小さなドメインを大きくして、拡散率に何らかの要因を追加することは可能ですか。つまり、ドメインを2倍の大きさにしたい場合、拡散率を半分に因数分解しますか？それは化学/物理法則でも正確ですか？ うまくいけば、私は問題を少し明確にし、助けてくれて本当にありがとうございました。 乾杯、

10 finite-element  comsol  computational-biology 

私は常微分方程式のシステムを持っています-7つの方程式と、病気の伝染の数学モデルの一部としてそれらの振る舞いを支配する約30のパラメーター。私は思います好きな変更、これらの方程式のための定常状態見つけることdx/dt = rest of the equationに0 = equation方程式のそれぞれのためには、それは簡単代数の問題になります。これは手動で行うこともできますが、その種の計算はとんでもないほど苦手です。 この問題の小さいバージョンを処理できるMathematicaを使用してみましたが（ここを参照）、Mathematicaはこの問題を解決しようとしています。これに取り組むためのより効率的/効果的な方法はありますか？より効率的なシンボリック数学システム？他の提案？ いくつかの更新（3月21日）： 目標は確かにそれらを象徴的に解決することです-数値の答えは素晴らしいですが、現時点では最終目標は象徴的なバージョンです。 少なくとも1つの均衡があります。私は実際に座ってこれを証明したわけではありませんが、設計上、最初は何も感染していない些細なものを少なくとも1つ持つべきです。それ以外に何もないかもしれませんが、それは私が他の何よりもコンテンツとしてなります。 以下は、話し合っている実際の方程式のセットです。 要約すると、私は7つの変数の7つの2次方程式のシステムの解のシンボリック式を探しています。

9 ode  symbolic-computation  computational-biology 

暗黙的な溶媒和モデルの溶媒和パラメーターの影響をテストし、どのコードが小さなタンパク質のタンパク質フォールディングのスタンドアロンプ​​ログラムとして自由に利用できるか、そしてダイナミクスの代わりにエネルギー最小化アプローチを使用するので、分子動力学コードを探していません。

8 computational-chemistry  computational-biology