計算科学

科学的問題を解決するためにコンピュータを使用する科学者のためのQ&A

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さまざまな問題の投影法を構築するための一般的なアプローチはありますか?
私の質問は、おそらく一般的すぎて2、3語では答えられないでしょう。その場合、良い読書を提案していただけませんか。投影法は、問題の解空間のサイズを縮小するために使用されます。そして、少なくとも2つの非常に興味深いアプリケーションがあります(私の観点から)。1つ目は連続体力学問題(Finite Element、Ritz法)の解法であり、2つ目は線形方程式系(Krylov部分空間法)の解法です。 問題は次のとおりです。すべてのアプリケーションで投影法を研究する理論または分析の一部はありますか?もしそうなら、有限体積法のような他の方法をこの出発点から構築できますか? 私は大学でFEAを勉強しましたが、現時点では、離散近似はすべて、特定のケースで使用できる分離された「ツール」のセットのようなものです。ありがとう。


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PBSジョブの延長
ウォールタイム制限の設定エラーのために、数日かかるジョブが途中で終了することを発見するのは非常に痛いです。 実行中のPBSジョブ用に変更する方法はありますか?
8 hpc  pbs 

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(方法)メモリの断片化を考慮していますか?
私は有限要素理論の例を使用しますが、大規模なデータ構造を維持し、それを連続的に拡張する人なら誰でも同じようなものを見つけるでしょう。 ポイントと三角形の非構造化メッシュがあり、ポイントが座標(たとえばと)で与えられ、三角形がそれぞれ3つのポイントインデックス(たとえば、jとk)で構成されているとします。バツバツxyyy私私ijjjkkk FEMで一般的なように、メッシュは連続的に細分割されます。グローバルな通常の絞り込みに頼ると、三角形の数は、絞り込みが繰り返されるたびに4倍になります444。これがどのように行われるかに応じて、メモリレイアウトの開発方法は異なります。 メッシュが1〜300のメモリセルを占めているとします。 例1: 新しいメッシュのセル301から1501にスペースを割り当て、そこにリファインされたメッシュのデータを入力して、古いメッシュを忘れます。次のリファインされたメッシュはセル1501〜6300に配置され、次のメッシュは6301〜21500に配置されます。現在のメッシュの場所はメモリ内で「右」に移動しますが、巨大なパッチは使用されません。時期尚早にメモリ不足になる場合があります。 上記の例では、1つのリファインステップの妨げになるだけであることに気づくかもしれません。これは、断片化がなくても、後でリファインメントの合計メモリが不足するためです。頂点配列も考慮されるため、問題はさらに深刻になる可能性があります。 どうすればこれを回避できますか? 例2: 三角形の配列をセル1..1200に再割り当てします。セル1201から2400に新しいメッシュを作成します。その作業コピーの内容をセル1..1200にコピーし、作業コピーを忘れます。同様に繰り返します。 作業コピーが必要なため、まだメモリが不足しています。これはどう: 例3: 三角形の配列をセル1..1500に再割り当てします。古いメッシュを1201 .. 1500にコピーします。セル1..1200に新しいメッシュを作成します。次に、古いメッシュのコピーを忘れます。 これらのスケールではグローバルメッシュリファインメントを使用しないため、ここでのケースは人工的です。増加がはるかに小さい場合、断片化を回避するためにメモリの再調整が可能です。しかしながら、 質問: 実際の科学計算/高性能計算でメモリの断片化が重要になることはありますか? もしそうなら、どうやってそれを避けますか?たぶん私のマシンモデルは間違っているかもしれません、そしていくつかの重い魔法によるOSは暗黙のうちにメモリを再調整するか、ヒープ上の断片化されたブロックを管理します。 具体的には、グリッド管理にどのように影響しますか?
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