タグ付けされた質問 「r」

関心のあるポイントの位置を特定するための緯度/経度のペアを含むデータベースがあります。興味のあるポイントを10個のグループにグループ化します。グループは地理的にローカルで、正確に10個のポイントを含む必要があります。各グループは最小限の領域である必要があります。 Rのさまざまな実装を見てきましたが、いずれも（私が見ることができる）明確なクラスターサイズを指定することはできません。 以前、マップポイントを固定クラスターサイズにグループ化するように依頼しましたか？しかし、良い答えを得るために私の質問で私が十分に正確であったとは思わない。 地理的にローカル -グループが大幅に重複しないようにする必要があると思います。私のアプリケーション（監視目的でグループに人を割り当てる）では、各グループが物理的な領域でできるだけ小さい場合に理想的です。 最小面積 -再び、グループ面積を最小に保とうとします。これは、各グループの領域を指定されたしきい値以下に保つことで定量化できると思います（数十の小さなグループと1つの大きなグループを避けるため）。

11 r  geoprocessing  clustering  point-of-interest 

R spplotのspパッケージの関数を適切に使用する方法を扱ったチュートリアル/本/その他のトレーニング資料が必要です。 これらの機能の多くと同様に、それは非常に強力なように見えますが、何をしたいかを正確に知らない限り、ドキュメントはそれほど役に立ちません。さまざまな例のページを見つけましたが、それらはまだそれほど明確ではありません。 spplot便利なマップを作成するために使用できるリソースがありますか（たとえば、ラスターデータ、ポイント上のポリゴンのオーバーレイ、さまざまなカラースケール、凡例、北矢印など）。 ？ 理想的には、Rのラスターデータと地図の作成に焦点を当てたUseR！スタイルの本が欲しいのですが、その種の唯一の空間の本は、主に地球統計学とポイントデータに焦点を当てているようです。 何か案は？

11 cartography  r 

Rで通常のクリギングを使用して地下水標高マップを作成しようとしていますが、常にメモリ不足になります サイズ146.5 Mbのベクトルを割り当てることができません 割り当て（windows xp 32bit）。メモリサイズを増やすべきか、どのようにすればいいのか、グリッドサイズを減らすにはどうすればいいのか（Rの初心者のように）？ この例http://casoilresource.lawr.ucdavis.edu/drupal/node/438に従ってください

11 grass  r  error  kriging 

これは、GISソフトウェアで数秒しかかからないプロセスです。Rでそれをしようとすると、大量のメモリを使用して失敗します。私のコードに何か問題がありますか、これはRができないことですか？RがGrass内で動作することを読んだことがありますが、R内からGrass関数を使用できますか？ library(raster) # I have many environmental rasters in this format new_r <- raster(ncol=615, nrow=626, xmn=-156.2, xmx=-154.8, ymn=18.89, ymx=20.30) res(new_r) <- 0.00225 projection(new_r) <- "+proj=longlat +ellps=GRS80 +datum=NAD83 +no_defs +towgs84=0,0,0" R> new_r ### not too big with a few hundred cells per side class : RasterLayer dimensions : 627, 622, 1 …

11 raster  grass  r 

同じCRS（緯度と経度）を共有する2つのクラスがあります。 bolognaQuartieriMap：SpatialPolygonDataFrame都市のボロートのデータが含まれています。 crashPoints：SpatialPointsDataFrame事故のデータが含まれています。 彼らはよく使用してプロットされます： plot(bolognaQuartieriMap) title("Crash per quartiere") plot(crashPoints, col="red",add=TRUE) 必要なのはcrashPoints、構成する各ポリゴンのポイント数（）を取得することbolognaQuartieriMapです。使用するよう提案されましたover()が、成功しませんでした。

11 r  sp 

Rの同じGeoPackageに複数のレイヤーを書き込もうとしていますが、エラーが発生しますCreation of output file failed。RGDALを使用した.gpkgファイルの読み取りと書き込みのドキュメントを検索してみました。たとえば、writeOGR()実際に複数のレイヤーをサポートしているかどうかを調べたところ、ほとんど成功しませんでした。これは可能であれば、どのように行うのですか？最小限の作業例： library(sp) library(maptools) library(rgdal) data(wrld_simpl) norway <- wrld_simpl[wrld_simpl$NAME == "Norway", ] sweden <- wrld_simpl[wrld_simpl$NAME == "Sweden", ] file <- tempfile("scandinavia", fileext = c(".gpkg")) writeOGR(norway, dsn = file, layer = "norway", driver = "GPKG") writeOGR(sweden, dsn = file, layer = "sweden", driver = "GPKG") ogrListLayers(file) トリックを実行するogr2ogr シェルコマンド（ヒントmdsumner）があるようですが、これをR関数でラップできます。ただし、sfパッケージのwriteOGR（）やst_write（）にこれが組み込まれているとlayer_options便利です。GDALに依存していると思いますが、GDALの …

11 gdal  r  rgdal  geopackage  sf 

私はこのようなデータを持っています： longitude latitude speed direction 1 6.10722222 46.23639 4 360 2 6.95416667 43.54694 4 360 3 7.21472222 43.66556 13 330 4 4.01666667 48.32167 7 290 5 2.30833333 43.21611 14 290 6 2.48305556 44.40806 13 320 7 5.21500000 43.43694 19 330 8 4.92361111 43.52278 32 320 9 5.10805556 43.60306 26 330 …

11 r  leaflet  labeling  cartography  line 

25メートル×25メートルの解像度でラスターを作成します。各セルには、セルの中心から計算した最も近い海岸線までの距離が含まれています。これを行うには、ニュージーランドの海岸線のシェープファイルだけです。 私はRでそれを行うためのDominic Royeのチュートリアルを試してみました... それは約1 km×1 kmの解像度まで問題ありませんが、RAMをさらに高くしようとすると、必要なRAMは私のPC（約70 GBのRAMが必要）または私がアクセスできる他のRAMで利用可能なRAM容量をはるかに超えます。とは言っても、これはRの制限だと思います。QGISがこのラスターを作成する計算効率の高い方法を持っているのではないかと思いますが、私はそれに慣れていないため、その方法を完全に理解できません。 QGISを使用してフィーチャまでの距離を持つラスターの作成を試してみましたか？QGISでそれを作成するが、それはこのエラーを返します： _core.QgsProcessingException：INPUTのソースレイヤーを読み込めませんでした：C：/..../ Coastline / nz-coastlines-and-islands-polygons-topo-150k.shpが見つかりません 理由はわかりません。 誰かが何がうまくいかないのか、これを行う別の方法について何か提案はありますか？ 編集： 私が作成することを望んでいるラスターは、約59684行と40827列を持ち、LINZの年間水不足ラスターと重複します。生成されるラスターが年間の水不足のラスターよりも大きい場合、Rで切り取ることができますが... NZの海岸線のシェープファイルには、島の間に大量の海があり、これらのセルの海岸までの距離の計算には興味がありません。土地の一部を含むセルの値のみを計算したいのですが。これを行う方法、またはそれが実際に問題であるかどうかはわかりません。

10 qgis  shapefile  r  rasterization 

私は現在、さまざまな自然史博物館のデータベースからの標本のリストを照合して、さらに研究しています。ただし、大部分の履歴データに関連するよく知られている問題は、適切な緯度と経度がないためにそのデータを使用できないことです。 領域の周りにバッファを描画し、その場所に関連する不確実性の範囲を提供するなど、そのデータを克服する方法がありました。 たとえば、関数-Rの 'spatial'パッケージのbiogeomancerは、「XYZの西2マイル」などのテキストによる説明がある場合、地理参照のプロセスを自動化します。こちらのドキュメントをご覧ください。 ただし、私の主な関心事は、このようなプロトコルを200平方kmもの地域に使用することです。その問題を克服する方法はありますか？その場所に関連する不確実性を処理できるのであれば、この豊富な博物館データを使用したいと思います。 データセット内のいくつかの標本の例を以下に示します。それらの多くは標高の言及が付属していますが、ほとんどのレコードは非常にあいまいです。 編集 コメントセクションで、あなたの一人がこの質問の目的と私が同じことから達成しようとしていることについて述べました。 1.不確かさの半径を非常に広い多角形領域から小さい不確かさの半径（可能な場合）に縮小する方法に興味があります。 2.この情報は、たとえば種分布モデリング/占有モデリングなど、将来の空間分析を実行するのに役立ちます。

10 r  coordinates  buffer  georeferencing 

を使用してポリゴン間の小さな「断片」を排除する方法はありRますか？望ましいソリューションはSpatialPolygonsDataFrame、ポリゴン間の共有境界が一致する新しいものを作成します。RArcMapやQGISではなく、を使用するソリューションに特に興味があります。 そもそもなぜこれらのギャップが存在するのかについての説明も聞きたいです。 これは、私が使用している空間データの再現可能な例です。 library(rgdal) library(sp) library(tigris) library(magrittr) library(leaflet) library(gplots) # This project will use WGS 84 projected coordinate system crs_proj <- CRS("+init=epsg:4326") # These are the FIPS codes of the specific block groups in my study area sel <- c("530330079005", "530330079001", "530330079004", "530330085002", "530330085003", "530330086003", "530330087003", "530330085001", "530330090001", "530330091001", "530330091002", …

10 polygon  leaflet  r  tiger  slivers 

パッケージgstat、variogram()関数を使用して、Rでセミバリオグラムを作成しました。モデルの残差に空間的自己相関があるかどうかを確認したい（glmmを使用して、数kmから900 km間隔で離れたサイト間で、生息地の関数としての種の存在量）。 私の単位はkmです。したがって、私の解釈では、空間的自己相関が「問題」でなくなるまで、範囲は100 kmを少し超えていると解釈されます。ナゲットがこんなに高いように見える理由を誰かが説明できるかどうか疑問に思っていますか？これは、同じような場所でも比較的大きな差があることを意味しますか？または、この波状のバリオグラムは、より一般的な形状になるまでラグ数とラグ距離を調整する必要があることを意味しますか？ もう少し詳しく調べるために、私variog()はパッケージgeoR の関数も使用し、を使用breaks=seq(0,100,10)して、より近い距離を（同じ点と同じモデルの残差を使用して）調べようとしました。これは、最も近い点がより異なっていることを示していますが、これも意味がありません。多分これは空間的自己相関がないことを示しており、私のモデルはすでにこれを説明しています。 私はこの優れた情報源「涙のないジオスタット」を見つけました。51ページで、バリオグラムのフィッティングについていくつかの良いアドバイスがあります。このアドバイスにより、私の最初のものは正しい範囲を持っているようです。これは最初の質問に戻ります-これをどのように解釈しますか？

10 r  interpolation  spatial-statistics  autocorrelation  variogram 

重複したエントリや重複したエントリがないか、長期間にわたる鳥の観察を確認する必要があります。 異なるポイント（A、B、C）の観測者が観測を行い、紙の地図にマークを付けました。種、観測点、およびそれらが見られた時間間隔の追加データを含むラインフィーチャに取り込まれたライン。 通常、観察者は観察中に電話で連絡を取り合いますが、時には忘れてしまうため、重複した行を取得します。 私はすでにデータを円に接する線に減らしたので、空間分析を行う必要はありませんが、各種の時間間隔を比較するだけで、比較によって見つかったのは同じ個体であることを確信できます。 私は今、Rで以下のエントリを識別する方法を探しています。 重複した間隔で同じ日に行われます そしてそれが同じ種である場合 異なる観測点（AまたはBまたはCまたは...）から作成されたもの） この例では、重複する可能性のある同じ個人のエントリを手動で見つけました。観測点が異なり（A <-> B）、種は同じ（Sst）で、開始時間と終了時間の間隔が重なっています。 ここで、data.frameに「duplicate」という新しいフィールドを作成し、両方の行にエクスポートできるように共通のIDを与え、後で何をするかを決定します。 すでに利用可能な解決策を探してたくさん検索しましたが、種のプロセスをサブセット化する必要があり（できればループなし）、2 + x観測点の行を比較する必要があるという事実については何も見つかりませんでした。 試してみるデータ： testdata <- structure(list(bird_id = c("20150712_0810_1410_A_1", "20150712_0810_1410_A_2", "20150712_0810_1410_A_4", "20150712_0810_1410_A_7", "20150727_1115_1430_C_1", "20150727_1120_1430_B_1", "20150727_1120_1430_B_2", "20150727_1120_1430_B_3", "20150727_1120_1430_B_4", "20150727_1120_1430_B_5", "20150727_1130_1430_A_2", "20150727_1130_1430_A_4", "20150727_1130_1430_A_5", "20150812_0900_1225_B_3", "20150812_0900_1225_B_6", "20150812_0900_1225_B_7", "20150812_0907_1208_A_2", "20150812_0907_1208_A_3", "20150812_0907_1208_A_5", "20150812_0907_1208_A_6" ), obsPoint = c("A", "A", "A", "A", "C", "B", "B", …

10 r  time  comparison  duplication 

Rで2つのラスターグリッドを配置しようとしています。配置したら、それらを一緒に追加できるようにしたいと考えています。 私はを作ることstackがうまくいくかどうかを確認しようとしました： grid_snap <- stack(habi_sdw, Pop_sdw) そして、私は次のエラーを受け取ります： compareRaster（x）のエラー：範囲が異なります ラスターグリッドには次のプロパティがあります。 show(habi_sdw) # class : RasterLayer # dimensions : 9187, 9717, 89270079 (nrow, ncol, ncell) # resolution : 0.00892857, 0.00892857 (x, y) # extent : -28.83706, 57.92186, -36.02464, 46.00214 (xmin, xmax, ymin, ymax) # coord. ref. : +proj=longlat +ellps=WGS84 +towgs84=0,0,0,0,0,0,0 +no_defs # …

10 raster  r  clip  snapping  resolution 

Geotiff画像とそれに対応するLidarデータ（x、y、z）をUTM座標で指定しました。Lidarデータを画像のRGB値とマージする必要があります。 つまり、最後に、Geotiff画像からの対応するRGB値でコード化されたLiDARクラウドカラーの各ポイントを（3D）プロットする必要があります。 LidarデータをQGISを使用してシェープファイルに変換しました。次に何をすればいいですか？ Rではそのplot3D機能を試しましたが、うまくいきませんでした。テキストdoc、シェープファイル、tif画像を添付しています 編集： 以下に示すように、次のプログラムを実行しました。 require(raster) require(maptools) # to take shape files #require(car) # for scatter3D require(plot3Drgl) ##setwd("C:\\Users\\Bibin Wilson\\Documents\\R") ##source('Lidar.r') data = read.csv("C:\\Users\\Bibin Wilson\\Desktop\\Lidar\\lidardata.csv") #nr = nrow(data) nc = ncol(data) nr = 500 require(rgdal) X = readGDAL("C:\\Users\\Bibin Wilson\\Desktop\\Lidar\\image.tif") topx = 4.968622208855732e+05; topy = 5.419739403811632e+06; final = matrix(nrow = nr, …

10 raster  r  3d  lidar  3d-model 

我々は持っている1メートルのLIDARのDEM街からを。 このリンクから小さなサブセットをダウンロードできます。 このスクリーンショットは、灰色のパレットを備えた生のDEMを示しています（暗い帯は通り、灰色がかった白っぽい長方形はブロックです）。 これはサントドミンゴ市内の場所に対応し、次のGoogleスクリーンショットで確認できます。 平均して、ブロックはおよそ「隆起」しています。通りから2メートル。これは正しくありません。ストリームネットワークと地形湿潤指数（TWI）を生成するクリーンなDEMが必要です。DEMが提供されている場合（レーザースキャナーからの元のバンドはありません）、水路網は長方形のレイアウトに従っているように見え、TWIはブロックパターンをもたらしました。これらの写真は結果を示しています。 これは、r.watershedin で生成されたストリームネットワークの結果ですGrass GIS。 そして、これはTWI結果であり、以下で生成されSAGAます： この不正確さを解決するためにいくつかの手順を試みましたが成功しませんでした： 1）ノイズ除去ツール。でr.denoiseツールを適用しましGrass GISたが、モジュールのインストールで問題が発生しました。Windowsのシェルで再度実行しましたが、メモリ不足のメッセージを受け取りました。 2）フィルター。私たちは、（別のウィンドウサイズで、フィルター（ローパス、中央値、平均値、など）の種類を走り、通りの方向に重みを置くしようとしていますGrass GIS、SAGA、QGIS）。 3）地球統計学。道路全体にポイントクラウドを生成し（1000ポイントと2000ポイントを試行）、バリオグラムモデルを生成し、通常のクリギングを実行してブロックを塗りつぶしました。バリオグラムモデリングと通常のクリギングは、Rさまざまなパッケージを使用してで行われました。線形バリオグラムが得られたので、クリギングの結果に依存しません。 4）その他のツール。ALDPATツールをインストールしましたが、プログラムがDEMを読み取れなかったため、機能しませんでした。 すべての場合において、長方形の河川ネットワークを回避できなかったため、排水ネットワークに関する結果は良くありませんでした。また、TWIは依然としてブロックパターンをもたらしました。 特に、OK補間結果では、ネットワーク結果に影響を与える点のようなパターンDEMが得られました。ただし、blocksパターンの効果は減少しました。 また、この質問と回答を確認しました... DSMからキャノピーと建物をフィルタリングして地表の高度を取得する ...にリダイレクトされましたがWhitebox Geospatial Analysis Tools、DEMをに変換できませんでしたLAS format。また、Bare-Earth DEM tool半透明のオブジェクトを削除するために設計されたものであり、誤って「持ち上げられた」ブロックではないため、私たちの効果については確信が持てませんでした。 水路解析を行うために高品質のDEMを生成したいのですが、他に何ができるかわかりません。

10 qgis  r  dem  lidar  topographic-wetness-index