メトリックグラフ理論データベース検索アルゴリズム

私は（ゆっくりと）SIGACTニュース用の化学情報科学アルゴリズムのハンドブックのレビューを書いています。1つの章では、現在のソフトウェアの実装について説明しています。データベース検索（およびその他のアプリケーション）では、グラフに関する情報を最大限に活用しているようには見えません。一方、おそらくより理論的なアルゴリズムを実装するのは難しすぎるでしょう。しかし、それは潜在的なオープンエリアのようです。

だから私の質問です：

メトリック情報を含むグラフのデータベースのアルゴリズムの理論と実装（できれば）について説明する概要（または少数の参照）はありますか？（各エッジは距離であり、各頂点にはボリュームがあります。）問題の例を化学なしで説明すると、次のようになります。

これは、重みがなくても一般にNP完全である部分グラフ同型問題に関連しているようです。対応するウィキペディアの記事は、特定のケースでは効率的に解決できると述べています。

化学がバイオインフォマティクスのようなものであれば、とにかくノイズに対処するために近似アルゴリズムに興味があるでしょう。また、アプリケーションとしてのデータベースルックアップを考えると、適切な償却済みランタイムを提供する前処理の賢いアイデアがあるかもしれません。

それらを見つけた（読んでいない）：

http://www.springerlink.com/content/4751121q3575v041/

http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/23/2/232.full

http://portal.acm.org/citation.cfm?id=1368898

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