タグ付けされた質問 「join」

私はfile1が好きです： 0 AFFX-SNP-000541 NA 0 AFFX-SNP-002255 NA 1 rs12103 0.6401 1 rs12103_1247494 0.696 1 rs12142199 0.7672 そしてfile2： 0 AFFX-SNP-000541 1 0 AFFX-SNP-002255 1 1 rs12103 0.5596 1 rs12103_1247494 0.5581 1 rs12142199 0.4931 そして、次のようなfile3が必要です： 0 AFFX-SNP-000541 NA 1 0 AFFX-SNP-002255 NA 1 1 rs12103 0.6401 0.5596 1 rs12103_1247494 0.696 0.5581 1 …

33 text-processing  awk  join  bioinformatics 

_jeter3.txtと_jeter1.txtの2つのファイルがあります 私はそれらが両方とも20列でソートされていることを確認しました sort -c sort -t ' ' -c -k20,20 _jeter3.txt sort -t ' ' -c -k20,20 _jeter1.txt #no errors しかし、私がjoin両方のファイルにしたいときにエラーがあります、それは2番目のファイルがソートされていないと言います： join -t ' ' -1 20 -2 20 _jeter1.txt _jeter3.txt > /dev/null join: File 2 is not in sorted order 理由がわかりません。 cat /etc/*-release #FYI openSUSE 11.0 (i586) VERSION = …

13 sort  join 

File1.txt id No gi|371443199|gb|JH556661.1| 7907290 gi|371443198|gb|JH556662.1| 7573913 gi|371443197|gb|JH556663.1| 7384412 gi|371440577|gb|JH559283.1| 6931777 File2.txt id P R S gi|367088741|gb|AGAJ01056324.1| 5 5 0 gi|371443198|gb|JH556662.1| 2 2 0 gi|367090281|gb|AGAJ01054784.1| 4 4 0 gi|371440577|gb|JH559283.1| 21 19 2 output.txt id P R S NO gi|371443198|gb|JH556662.1| 2 2 0 7573913 gi|371440577|gb|JH559283.1| 21 19 2 6931777 File1.txtには2つの列があり、File2.txtには4つの列があります。一意のIDを持つ2つのファイル（array [1]は両方のファイル（file1.txtとfile2.txt）で一致する必要があります）を結合し、一致したIDのみを出力したい（output.txtを参照）。 …

11 awk  join 

例を挙げて質問します。2つのファイルがあります。 ファイル＃1： 118D FC300_R5_TP FX.B 32775 2112 6 2038 6 2112 0 118E FC300_R5_TP FX.B 32775 2136 7 2065 6 2136 0 118F FC300_R5_TP FX.B 32775 2124 6 2064 6 2124 0 1190 FC300_R5_TP FX.B 819210 814632 99 814609 99 814632 0 1191 FC300_R5_TP FX.B 819210 104100 13 103714 13 …

9 shell-script  text-processing  awk  join 

約12900エントリと4400エントリの2つのファイルがあり、それらを結合したいと思います。ファイルには、世界中のすべての陸上気象観測所の位置情報が含まれています。最大のファイルは隔週で更新され、小さいファイルは年に1回程度更新されます。元のファイルはここにあります（http://www.wmo.int/pages/prog/www/ois/volume-a/vola-home.htmおよび http://weather.rap.ucar.edu/surface/ station.txt）。私が持っているファイルは、いくつかのawk、sed、およびbashスクリプトが混在しているため、すでに操作されています。このファイルを使用して、Unidataから無料で入手できるGEMPAKパッケージを使用してデータを視覚化します。最大のファイルはGEMPAKで動作しますが、完全な機能では動作しません。これには結合が必要です。 ファイル1には、気象観測ステーションの位置情報が含まれています。最初の6桁は、ステーションの一意の識別子です。さまざまなパラメーター（ステーション番号、ステーション名、国コード、緯度経度、ステーション標高）は、ライン内の位置によってのみ定義されます（タブはありません）。 060090 AKRABERG FYR DN 6138 -666 101 060100 VAGA FLOGHAVN DN 6205 -728 88 060110 TORSHAVN DN 6201 -675 55 060120 KIRKJA DN 6231 -631 55 060130 KLAKSVIK HELIPORT DN 6221 -656 75 060160 HORNS REV A DN 5550 786 21 060170 HORNS REV B DN …

9 shell-script  text-processing  awk  columns  join 

以下のようなファイルがあります。 abc, 12345 def, text and nos ghi, something else jkl, words and numbers abc, 56345 def, text and nos ghi, something else jkl, words and numbers abc, 15475 def, text and nos ghi, something else jkl, words and numbers abc, 123345 def, text and nos ghi, something else jkl, …

8 text-processing  command-line  awk  join  merge 

shell script2つのファイルAとを取得するを記述して、次のBような結果を取得します。 ファイルA： user_a tel_a addr_a user_b tel_b addr_b ファイルB： process_1 user_a process_2 user_a process_3 user_b そしてその結果： user_a process_1 tel_a addr_a user_a process_2 tel_a addr_a user_b process_3 tel_b addr_b これどうやってするの？awkまたは、他の何か？

8 text-processing  awk  join