タグ付けされた質問 「bioinformatics」

私はfile1が好きです： 0 AFFX-SNP-000541 NA 0 AFFX-SNP-002255 NA 1 rs12103 0.6401 1 rs12103_1247494 0.696 1 rs12142199 0.7672 そしてfile2： 0 AFFX-SNP-000541 1 0 AFFX-SNP-002255 1 1 rs12103 0.5596 1 rs12103_1247494 0.5581 1 rs12142199 0.4931 そして、次のようなfile3が必要です： 0 AFFX-SNP-000541 NA 1 0 AFFX-SNP-002255 NA 1 1 rs12103 0.6401 0.5596 1 rs12103_1247494 0.696 0.5581 1 …

33 text-processing  awk  join  bioinformatics 

多くのファイル（xyz1、xyz2、xyz5025まで）を含むフォルダーがあり、それらのすべてでスクリプトを実行し、xyz1.faa、xyz2.faaなどを出力として取得する必要があります。 単一ファイルのコマンドは次のとおりです。 ./transeq xyz1 xyz1.faa -table 11 それを自動的に行う方法はありますか？たぶん、フォーコンボですか？

19 shell-script  text-processing  files  scripting  bioinformatics 

現在のところ、この質問はQ＆A形式には適していません。回答は、事実、参考文献、または専門知識によってサポートされると予想されますが、この質問は、議論、議論、世論調査、または広範な議論を求める可能性があります。この質問を改善し、おそらく再開できると思われる場合は、ヘルプセンターをご覧ください。 6年前に閉鎖されました。 私は最近、家にいるときに科学研究に使用する新しいラップトップを購入しました。このマシンには、8コアのIntel i7プロセッサー、4 GBのRAM、およびNvidiaのグラフィックカード（2 GB、Ivy Bridge）が搭載されています。計算に最も必要なプログラムは、MATLABとPythonです。 Ubuntu（バージョン12.10および13.04）をインストールしようとしましたが、どちらも低速でした。MATLABが1コアを100％使用すると、OS全体がフリーズします。同時に何もできません。また、グラフィックカードは明らかにその潜在能力を最大限に活用されておらず（プログラムの起動時にoptirunを使用するか、DRI_PRIMEフラグを指定します）、Unityではまったく使用されません。 私の目的のために他のOSはUbuntuよりも優れているでしょうか？また、どのようにいくつかのコアをOS専用にし、MATLAB / Python専用にし、他のプログラム（Chrome、Messaging、LaTeXなど）専用にしますか？

19 linux  distribution-choice  bioinformatics 

これはパーツファイルです N W N N N N N N N N N N C N N N N N N N N N N A N N N N N N N N N N N N N N N N N N N N N G N N N …

9 text-processing  bioinformatics 

次のようなタブ区切りファイルがあります。 gene v1 v2 v3 v4 g1 NA NA NA NA g2 NA NA 2 3 g3 NA NA NA NA g4 1 2 3 2 各行のフィールド数は固定され、同じです。列2から最後までのすべての行のすべてのフィールドがNAである上記のファイルからそれらの行を削除します。次に、出力は次のようになります。 gene v1 v2 v3 v4 g2 NA NA 2 3 g4 1 2 3 2

8 text-processing  awk  perl  bioinformatics