これに関する多くのドキュメントと議論がネット上にあります。
GNUプロジェクトとLinuxカーネルプロジェクトには深いイデオロギーの違いがあり、統一の妨げになるという短い答え。
GNUプロジェクトの背後にある組織であるFSFの焦点は、フリーソフトウェアの概念に関するイデオロギーの純粋さにあります。これは主に、FSF / GNUの創設者であるリチャードストールマンの見解に基づいています。さらに、goldilocksが述べたように、FSFは現在ほとんど政治的擁護団体です。長い間、FSFは重要なリソースをGNUプロジェクトに投入していませんが、サポートインフラストラクチャを提供しています。
Linuxカーネルプロジェクトは、ソフトウェアの自由に対してはるかに実用的なスタンスを持っています。これも、その創設者であるLinus Torvaldsに起因します。Linuxカーネルプロジェクトは主に、カーネル/ OS開発に特化したソフトウェア開発者で構成され、政治的な擁護団体ではないフリーソフトウェアプロジェクトです。
これらのイデオロギーが実際にどのように機能するかの特定の例として、
1)ストールマンは、Debianプロジェクトがソフトウェアアーカイブのフリーでない部分を維持することでフリーでないソフトウェアを「宣伝する」という事実を受け入れられないと見なしている。DebianプロジェクトはFSFに非常に似ているが、イデオロギー的に厳格ではないソフトウェアの自由に焦点を当てているため、これは皮肉です。
2)Linuxカーネルが(フリーではない)バイナリカーネルモジュールをカーネルで使用できること。カーネル開発者はこれに熱心ではありませんが、それを容認しますが、FSFがそうすることを想像するのは困難です。
また、GNU / LinuxがFSFとLinuxカーネルコミュニティの関係を改善していないため、Linuxカーネルに基づいたオペレーティングシステムに名前を付けようとするStallmanの試みは、特にこれに関するデータはありませんが、注目に値します。
goldilocksが述べているように、FSFには、GNUプロジェクトが準拠しなければならないさまざまなルールがあります。これには、FSFへのすべてのコードの著作権の譲渡が含まれます。Linus Torvaldsはこのような著作権の譲渡を要求したことがないため、これはすべてそれ自体が契約違反となります。したがって、LinuxカーネルがGNUプロジェクトの一部となる場合、Linuxカーネルへの重要な貢献はすべて、FSFに著作権を割り当てる必要があります。プロジェクトの年齢と規模、および貢献者の数を考えると、これは基本的に不可能です。はるかに小規模で若いプロジェクト(Mercurialなど)では、ソフトウェアの再ライセンスが困難なタスクであることがわかりました。
この回答は、FSFまたはLinuxカーネル開発者の批判を意図したものではないことに注意してください。両側に独自の有効な視点があります。しかし、状況の現実は、それらがある程度互換性のない視点であるということです。