回答:
システムごとに個別に暗号化する必要があります
上のWindows:BitLockerは、内蔵して使用するのが最も簡単です。代替手段はVeracryptです。
上のLinux:伝統的なアプローチは、使用することですDM-cryptの。
ポータブルテクノロジで暗号化されている場合、両方のシステムで使用される個別の暗号化パーティションを(デュアルブート時)持つことは技術的に可能です。現在は機能しないTruecryptでも可能ですが、Veracryptも(フォークなので)できるはずですが、私はそれをテストしていません。