startコマンドを使用して複数のタスクを起動する既存の.batファイルがあります。例:
start cmd.exe /k "echo task 1"
start cmd.exe /k "echo task 2"
start cmd.exe /k "echo task 3"
何が起こるかというと、ConEmuはcmd.exe実行中の.batファイルにのみアタッチし、他のcmd.exeインスタンスはスタンドアロンウィンドウとして起動します。

スタンドアロンのstartedウィンドウをConEmuにアタッチします。バッチスクリプトを変更することでそれを達成できることは承知していますが、スクリプトはConEmuを必ずしも使用しない他の人と共有されるため、そうしたくありません。