私の理解では、完全なディレクトリツリーをファイルごとに別のコンピューターにコピーして、バックアップを作成します。これは確かにバックアップを作成する1つの方法ですが、特にあなたの場合はうまく機能しないように見えるので、別のアプローチをお勧めします。
自分で(原則的に)行うことは、Linuxサーバー上でローカルにバックアップしたいファイルのtarballを作成し、sshを介して別の場所に保存することです(実際はsshfsですが、問題ありません)。これにより、Linuxサーバーでのtar実装がファイル名を処理する限り、ファイル名に関する問題が解消されます。
これを行うには、接続するLinuxサーバーのsshサーバー、または次のようなコマンドを使用してcygwinをセットアップします。
ssh $server "tar c -C /var/important ./" > backup.tar
バックアップを保持するコンピューターでcygwinから実行します。また、Linuxサーバーにtarballを保存して、後で転送することもできます。
消費される帯域幅とディスク容量を減らしたい場合は、gnu tarの代わりにstarを使用することをお勧めします。これは、前回のバックアップ後に変更されたファイルのみを含めることができる増分モードです。ただし、rsyncのデルタ転送はまだ行われず、ファイルのいくつかのバージョンはディスク容量を占有します。一方、tarballはディレクトリツリーよりも(xzなどを使用して)効率的に圧縮する方がはるかに簡単です。