回答:
リポジトリ自体でコンパイルしてもかまいません。新しいファイルは、初めて手動で追加するまでGitによって無視されます。(make mrproperまたはgit clean -dfxを使用して、コンパイル出力を取り除くことができます。)
make clean通常、コンパイル出力(オブジェクトファイル)のみを削除します。make distcleanソースコードの公開されたtarballに含めるべきではないものをすべて削除します。make mrproperはLinuxソースに固有であり、その中間にあるものmake cleanですmake distclean。Makefileの1148行目以降を参照してください。