最も優れたツールは、古いJKdefrag、現在はMydefragでした。MFTを最適化します。また、無料です。
元のサイトはダウンしていますが、最新バージョンを入手するためのソースはこちらです:https : //www.techspot.com/downloads/3720-jkdefrag-mydefrag.html 
編集する
MyDefragが使用するWindows Defrag APIは、MFTのデフラグをサポートしています。  
  「filename:streamname:$ typename」形式のFSCTL_MOVE_FILEでサポートされているシステムファイル、ストリーム、およびストリームタイプは次のとおりです。
  
  $ MFT :: $ DATA $ MFT :: $ ATTRIBUTE_LIST $ MFT :: $ BITMAP
MyDefragのスクリプトドキュメント:
Inode   Filename    Description
0   $MFT    Master File Table - An index of every file.
1   $MFTMirr    A backup copy of the first 4 records of the MFT.
2   $LogFile    Transactional logging file.
3   $Volume Serial number, creation time, dirty flag.
4   $AttrDef    Attribute definitions.
6   $Bitmap Contains volume's cluster map (in-use vs. free).
7   $Boot   Boot record of the volume.
8   $BadClus    Lists bad clusters on the volume.
9   $Quota  [Windows NT only] Quota information.
9   $Secure Security descriptors used by the volume.
10  $UpCase Table of uppercase characters used for collating.
11  $Extend A directory for: $ObjId, $Quota, $Reparse, $UsnJrnl.
$Extend\$ObjId  Unique Ids given to every file.
$Extend\$Quota  Quota information.
$Extend\$Reparse    Reparse point information.
$Extend\$UsnJrnl    USN Journal.
$Extend\$RmMetadata Transactional data.
Live CDでは実行されませんが、Bart PEまたはUltimate Windows BootCDで実行されます。
ただし、MFTの最適化にはどちらも必要ありません。