どのアプリケーションが特定のフォルダにアクセスできるかを制御する方法はありますか。

マイドキュメントの特定のフォルダXに、特定のアプリケーションからのみアクセスできるようにしたいとしましょう。

Windowsのアクセス許可では、これを簡単に実行できません。これを実行できる解決策はありますか？

少し極端ですが、これを私の家で実装する方法は、さまざまな目的のために仮想マシンを用意することです。

このようにして、さまざまな目的、金融、プログラミング、日々、ゲームなどの目的のために仮想マシンを持つことができます。複数ユーザーの状況に対処するため。

私が言ったように、私は極端なことを知っていますが、私にとっては、ほんの一握りの環境を使用しているので、私の望むとおりの仕事をしています。

ウィキペディアで次のように定義されているHost-based Intrusion Prevention System（HIPS）を使用できます。

ホスト内で発生しているイベントを分析することによって、疑わしい活動について単一のホストを監視するインストール済みソフトウェアパッケージ。

そのようなシステムは教えられなければならないでしょう：それはそれぞれのプログラムとそれぞれのフォルダーのために許可を求めて、あなたにアクセスを許可またはブロックさせるか、すべてのフォルダーへの無制限のアクセスを許可させます。多くのHIPSスイートにはファイアウォールも含まれています。

いくつかの無料のHIPSプログラムは、この記事（およびそのコメント）に記載されています。
自宅での使用に最適な無料の侵入防止および検出ユーティリティ（HIPS）。

私のお気に入りのファイアーウォール+ HIPS製品はOnline Armor Freeです。
もう一つの非常に良いものはComodo Internet Security（CIS）です。

私はこれがSandboxieで可能であるかもしれないと思います、しかし私はよくわかりません。

あなたは制限されたパーミッションを持つユーザを作り、そのユーザを使ってプログラムとして "実行"するべきです。私は最近Filezilla FTPサーバーでそれをしました。