αとは関連しています。診断テストでポイントを説明しようと思います。血液マーカーのレベルを測定する診断テストがあるとします。特定の病気の人は、健康な人と比較してこのマーカーのレベルが低いことが知られています。カットオフ値を決定する必要があることはすぐに明らかです。この値を下回ると、人は「病気」に分類されますが、このカットオフを超える値を持つ人は健康であると考えられます。しかし、血液マーカーの分布は、病気で健康な人の中でさえもかなり異なる可能性が非常に高いです。一部の健康な人は、完全に健康であるにもかかわらず、血液マーカーのレベルが非常に低い場合があります。β
発生する可能性のある4つの可能性があります。
- 病気の人は病気として正しく識別されます(真陽性= TP)
- 病気の人は誤って健康であると分類されます(偽陰性= FN)
- 健康な人は健康であると正しく識別されています(真の陰性= TN)
- 健康な人は病気として誤って分類されます(偽陽性= FP)
これらの可能性は、2x2テーブルで説明できます。
Sick Healthy
Test positive TP FP
Test negative FN TN
αは偽陽性率を示します。これはです。は偽陰性率で、です。状況をグラフィカルに説明する簡単なスクリプトを書きました。α = FP/(FP+ TN)ββ= FN/(TP+ FN)R
alphabeta <- function(mean.sick=100, sd.sick=10, mean.healthy=130, sd.healthy=10, cutoff=120, n=10000, side="below", do.plot=TRUE) {
popsick <- rnorm(n, mean=mean.sick, sd=sd.sick)
pophealthy <- rnorm(n, mean=mean.healthy, sd=sd.healthy)
if ( side == "below" ) {
truepos <- length(popsick[popsick <= cutoff])
falsepos <- length(pophealthy[pophealthy <= cutoff])
trueneg <- length(pophealthy[pophealthy > cutoff])
falseneg <- length(popsick[popsick > cutoff])
} else if ( side == "above" ) {
truepos <- length(popsick[popsick >= cutoff])
falsepos <- length(pophealthy[pophealthy >= cutoff])
trueneg <- length(pophealthy[pophealthy < cutoff])
falseneg <- length(popsick[popsick < cutoff])
}
twotable <- matrix(c(truepos, falsepos, falseneg, trueneg), 2, 2, byrow=T)
rownames(twotable) <- c("Test positive", "Test negative")
colnames(twotable) <- c("Sick", "Healthy")
spec <- twotable[2,2]/(twotable[2,2] + twotable[1,2])
alpha <- 1 - spec
sens <- pow <- twotable[1,1]/(twotable[1,1] + twotable[2,1])
beta <- 1 - sens
pos.pred <- twotable[1,1]/(twotable[1,1] + twotable[1,2])
neg.pred <- twotable[2,2]/(twotable[2,2] + twotable[2,1])
if ( do.plot == TRUE ) {
dsick <- density(popsick)
dhealthy <- density(pophealthy)
par(mar=c(5.5, 4, 0.5, 0.5))
plot(range(c(dsick$x, dhealthy$x)), range(c(c(dsick$y, dhealthy$y))), type = "n", xlab="", ylab="", axes=FALSE)
box()
axis(1, at=mean(pophealthy), lab=substitute(mu[H[0]]~paste("=",m, sep=""), list(m=mean.healthy)), cex.axis=1.5,tck=0.02)
axis(1, at=mean(popsick), lab=substitute(mu[H[1]]~paste("=",m, sep=""), list(m=mean.sick)), cex.axis=1.5, tck=0.02)
axis(1, at=cutoff, lab=substitute(italic(paste("Cutoff=",coff, sep="")), list(coff=cutoff)), pos=-0.004, tick=FALSE, cex.axis=1.25)
lines(dhealthy, col = "steelblue", lwd=2)
if ( side == "below" ) {
polygon(c(cutoff, dhealthy$x[dhealthy$x<=cutoff], cutoff), c(0, dhealthy$y[dhealthy$x<=cutoff],0), col = "grey65")
} else if ( side == "above" ) {
polygon(c(cutoff, dhealthy$x[dhealthy$x>=cutoff], cutoff), c(0, dhealthy$y[dhealthy$x>=cutoff],0), col = "grey65")
}
lines(dsick, col = "red", lwd=2)
if ( side == "below" ) {
polygon(c(cutoff,dsick$x[dsick$x>cutoff],cutoff),c(0,dsick$y[dsick$x>cutoff],0) , col="grey90")
} else if ( side == "above" ) {
polygon(c(cutoff,dsick$x[dsick$x<=cutoff],cutoff),c(0,dsick$y[dsick$x<=cutoff],0) , col="grey90")
}
legend("topleft",
legend=(c(as.expression(substitute(alpha~paste("=", a), list(a=round(alpha,3)))),
as.expression(substitute(beta~paste("=", b), list(b=round(beta,3)))))), fill=c("grey65", "grey90"), cex=1.2, bty="n")
abline(v=mean(popsick), lty=3)
abline(v=mean(pophealthy), lty=3)
abline(v=cutoff, lty=1, lwd=1.5)
abline(h=0)
}
#list(specificity=spec, sensitivity=sens, alpha=alpha, beta=beta, power=pow, positiv.predictive=pos.pred, negative.predictive=neg.pred)
c(alpha, beta)
}
例を見てみましょう。病気の人の血液マーカーの平均レベルは100で、標準偏差は10であると仮定します。健康な人の平均血中レベルは140で、標準偏差は15です。臨床医はカットオフを120に設定します。
alphabeta(mean.sick=100, sd.sick=10, mean.healthy=140, sd.healthy=15, cutoff=120, n=100000, do.plot=TRUE, side="below")
Sick Healthy
Test positive 9764 901
Test negative 236 9099
影付きの領域が相互に関係していることがわかります。この場合、およびです。しかし、臨床医がカットオフを別様に設定した場合はどうなりますか?それを105に少し下げて、何が起こるか見てみましょう。α = 901 /( 901 + 9099 )≈ 0.09β= 236 /(236 + 9764 )≈ 0.024
Sick Healthy
Test positive 6909 90
Test negative 3091 9910
私たちのほとんどない健康な人が病気と診断されているので、今は非常に低いです。しかし、血中マーカーレベルが高い病気の人が健康であると誤って分類されたため、が増加しています。αβ
最後に、とが異なるカットオフに対してどのように変化するかを見てみましょう。αβ
cutoffs <- seq(0, 200, by=0.1)
cutoff.grid <- expand.grid(cutoffs)
plot.frame <- apply(cutoff.grid, MARGIN=1, FUN=alphabeta, mean.sick=100, sd.sick=10, mean.healthy=140, sd.healthy=15, n=100000, do.plot=FALSE, side="below")
plot(plot.frame[1,]~cutoffs, type="l", las=1, xlab="Cutoff value", ylab="Alpha/Beta", lwd=2, cex.axis=1.5, cex.lab=1.2)
lines(plot.frame[2,]~cutoffs, col="steelblue", lty=2, lwd=2)
legend("topleft", legend=c(expression(alpha), expression(beta)), lwd=c(2,2),lty=c(1,2), col=c("black", "steelblue"), bty="n", cex=1.2)
と比率が一定でないことがすぐにわかります。非常に重要なのは、エフェクトサイズです。この場合、これは、病気の人と健康な人の間の血中マーカーレベルの平均値の違いになります。差が大きいほど、2つのグループをカットオフで簡単に分離できます。αβ
ここでは、150のカットオフが病人と健康者を区別するという意味で「完全な」テストがあります。
ボンフェローニの調整
Bonferroniの調整により、エラーは減少しますが、タイプIIエラー()はます。これは、誤検知を最小限に抑えながら、誤検知を行うエラーが増加することを意味します。そのため、ボンフェローニ調整はしばしば保守的と呼ばれます。上のグラフで、カットオフを120から105に下げるとがどのように増加したかに注意してくださいから増加しました。同時に、はから減少しました。αββ0.020.31α0.090.01