Rのサンキーダイアグラム？

Rのサンキーダイアグラムを使用してデータフローを視覚化しようとしています。

このブログ投稿は、サンキーダイアグラムを生成するRスクリプトにリンクしていることがわかりましたが、残念ながら、それはかなり生で、いくらか制限されています（サンプルコードとデータについては以下を参照してください）。

より開発された他のスクリプト、あるいはパッケージさえ知っている人はいますか？私の最終目標は、これらのSankey Diagramsの例のように、ダイアグラムコンポーネントの相対的なサイズによってデータフローとパーセンテージの両方を視覚化することです。

私はr-helpリストにやや似たような質問を投稿しましたが、2週間何の応答もなかった後、ここでstackoverflowで運試しをしています。

ありがとう、エリック

PS。並列セットプロットを知っていますが、それは私が探しているものではありません。

# thanks to, https://tonybreyal.wordpress.com/2011/11/24/source_https-sourcing-an-r-script-from-github/
  sourc.https     <- function(url, ...) {
# install and load the RCurl package 
if (match('RCurl', nomatch=0, installed.packages()[,1])==0) {
  install.packages(c("RCurl"), dependencies = TRUE)
  require(RCurl)  
} else require(RCurl)    

# parse and evaluate each .R script
  sapply(c(url, ...), function(u) {
    eval(parse(text = getURL(u, followlocation = TRUE, 
    cainfo  = system.file("CurlSSL", "cacert.pem", 
    package = "RCurl"))), envir = .GlobalEnv)
 } )
 }

# from https://gist.github.com/1423501
sourc.https("https://raw.github.com/gist/1423501/55b3c6f11e4918cb6264492528b1ad01c429e581/Sankey.R")

# My example (there is another example inside Sankey.R):
inputs = c(6, 144)
losses = c(6,47,14,7, 7, 35, 34)
unit = "n ="

labels = c("Transfers",
           "Referrals\n",
           "Unable to Engage",
           "Consultation only",
           "Did not complete the intake",
           "Did not engage in Treatment",
           "Discontinued Mid-Treatment",
           "Completed Treatment",
           "Active in \nTreatment")

SankeyR(inputs,losses,unit,labels)

# Clean up my mess
rm("inputs", "labels", "losses", "SankeyR", "sourc.https", "unit")

上記のコードで作成されたサンキーダイアグラム、

このプロットは、networkD3パッケージを介して作成できます。インタラクティブなサンキーダイアグラムを作成できます。ここに例があります。スクリーンショットも追加したので、どのように見えるかがわかります。

# Load package
library(networkD3)

# Load energy projection data
# Load energy projection data
URL <- paste0(
        "https://cdn.rawgit.com/christophergandrud/networkD3/",
        "master/JSONdata/energy.json")
Energy <- jsonlite::fromJSON(URL)
# Plot
sankeyNetwork(Links = Energy$links, Nodes = Energy$nodes, Source = "source",
             Target = "target", Value = "value", NodeID = "name",
             units = "TWh", fontSize = 12, nodeWidth = 30)

Sankey関数とは少し異なりますが機能が重複しているパッケージ（riverplot）を作成し、次のようなプロットを作成できます。

Rでそれをやりたいのなら、あなたの最良の入札は@Romanの提案のようです-SankeyR関数をハックしてください。たとえば、以下は私の非常に簡単な修正です。ラベルを垂直方向に向け、わずかにオフセットし、入力参照のフォントを減らして少し見栄えを良くします。この変更は、SankeyR関数の行171と223のみを変更します。

    #line171 - change oversized font size of input label
    fontsize = max(0.5,frInputs[j]*1.5)#1.5 instead of 2.5 

    #line223 - srt changes from 35 to 90 to orient labels vertically, 
    #and offset adjusts them to get better alignment with arrows
    text(txtX, txtY, fullLabel, cex=fontsize, pos=4, srt=90, offset=0.1)

私は三角法のエースではありませんが、これは本当に矢印の方向を変えるために必要なものです。それは私の見解では理想的です-緩い矢印を調整して、垂直方向ではなく水平方向に向けることができれば。そうでなければ、なぜ私の解決策がラベルの向きの問題を修正するのか、それは図をはるかに読みやすくしません...

rChartsに加えて、サンキーダイアグラムをgoogleVis（バージョン> = 0.5.0）を使用してRで生成できるようになりました。たとえば、この投稿では、googleVisを使用した次の図の生成について説明しています。

Rの 沖積パッケージもこれを行います（から?alluvial）。

# install.packages(c("alluvial"), dependencies = TRUE)
require(alluvial)

# Titanic data
tit <- as.data.frame(Titanic)

# 4d
alluvial( tit[,1:4], freq=tit$Freq, border=NA,
     hide = tit$Freq < quantile(tit$Freq, .50),
     col=ifelse( tit$Class == "3rd" & tit$Sex == "Male", "red", "gray") )

plotlyはnetworkD3パッケージと同じパワーを持っています（リンク例）。

これらの定義から判断すると、この関数は、並列セットプロットのように、フローを分割および結合する機能がありません（つまり、複数の遷移を介して）。

以来サンキー図は重み付きグラフを向けられている、のようなパッケージqgraphは便利かもしれません。

SankeyRテキストが重ならないように矢印の頭の近くに配置されるため、損失を降順で並べ替えると、この関数はより明確なラベルを提供します。

で見て//sankeybuilder.comそれはあなたが時間をかけて自分のデータと再生のバリエーションをアップロードすることができソリューションを行くために準備ができていますよう。移行はうまく機能します（質問のYouTubeデモと同様）。SankeyTrendデモをロードすると、多くのタイムスロット（データの年数）が含まれます。ロードされたら（自動的にサンキーを作成します）、ページの右上隅にある再生ボタンをクリックしてタイムスロットを再生します。一時停止したり、時間を再開したりすることもできます。デモのURLはこちら：SankeyTrendこれが完璧なサンキーダイアグラムの探求に役立つことを願っています。

完全を期すために、沖積図/サンキー図用のggalluvialパッケージもありますggplot2 extension。

これはパッケージのドキュメントから抜粋した例です

# devtools::install_github("corybrunson/ggalluvial", ref = "optimization")
library(ggalluvial)

titanic_wide <- data.frame(Titanic)
ggplot(data = titanic_wide,
       aes(axis1 = Class, axis2 = Sex, axis3 = Age,
           y = Freq)) +
  scale_x_discrete(limits = c("Class", "Sex", "Age"), expand = c(.1, .05)) +
  xlab("Demographic") +
  geom_alluvium(aes(fill = Survived)) +
  geom_stratum() + geom_text(stat = "stratum", label.strata = TRUE) +
  theme_minimal() +
  ggtitle("passengers on the maiden voyage of the Titanic",
          "stratified by demographics and survival") +
  theme(legend.position = 'bottom')

ggplot(titanic_wide,
       aes(y = Freq,
           axis1 = Survived, axis2 = Sex, axis3 = Class)) +
  geom_alluvium(aes(fill = Class),
                width = 0, knot.pos = 0, reverse = FALSE) +
  guides(fill = FALSE) +
  geom_stratum(width = 1/8, reverse = FALSE) +
  geom_text(stat = "stratum", label.strata = TRUE, reverse = FALSE) +
  scale_x_continuous(expand = c(0, 0), 
                     breaks = 1:3, labels = c("Survived", "Sex", "Class")) +
  scale_y_discrete(expand = c(0, 0)) +
  coord_flip() +
  ggtitle("Titanic survival by class and sex")

^{reprexパッケージ（v0.2.1.9000）によって2018-11-13に作成されました}

ワークフローの段階を視覚化するために扇状図を使用するパッケージをオープンソース化するだけです。沖積形を使用すると履歴が保持されるため、エッジにクロスオーバーはありません。

https://github.com/claytontstanley/shiny.alluvial