ここで何が行われているのかよくわかりませんが、リポジトリ内の特定のファイルが名前の大文字と小文字を変更することがあります。例えば、:
前: File.h
後: file.h
私はこれがなぜ起こっているのか本当に気にしませんが、これによりgitはそれを新しいファイルであると考え、それからファイル名を変更する必要があります。gitに大文字小文字の変更を無視させることはできますか?
[編集] 変更後にファイルを開いて保存するときに最も頻繁に発生するように思われるため、その特定のファイルで何か奇妙なことがVisual Studioで行われているようです。VSのバグを修正する方法はありませんが、gitはもう少し能力があると思います。