OS XのUnityゲームエンジンでGitバージョン2.2.0を使用していて、コードをコミットしたかった。すべてを追加してもエラーメッセージは表示されませんでした。次に-mをコミットすると、次のエラーメッセージが表示されます。

fatal: multiple stage entries for merged file 'Assets/Prefabs/Resources'

私がプッシュしたことに気付かなかった、それはエラーメッセージを出さなかった、と実際に言ったEverything up-to-date ので、私はbitbucket（リポジトリが保持されている場所）をチェックしましたが、私のコミットは表示されませんでした。ローカルログを確認したところ、コミットは表示されません。

私は答えを求めてグーグルを調べました...そして何も。このエラーは何ですか？どうすれば修正できますか？

Gitの最近のバージョン（2.3 +、Q2 + 2015）で動作するように思われる最初の回避策は、grantのより最新の回答で言及されています。

1. インデックスを削除する

   $ rm .git/index
   

2. 全て追加する

   $ git add -A
   

3. コミット

   $ git commit -a
   

元の回答（2014年後半）
通常の回避策は次のとおりです。

• リモートリポジトリを新しいローカルリポジトリに再度クローンする

• 最初のリポジトリから2番目のリポジトリに変更を追加します。

  $ cd /patH/to/second/cloned/repo
  $ git --work-tree=/path/to/first/repo add .
  

このエラーメッセージはread-cache.c、このパッチで説明されている（「read-cache.cマージされていないエントリが削除されていることを確認する」）で確認でき、Git 2.2コミットで導入されています。
これは非常に最近のことなので、Gitを2.1にダウングレードするだけで、そのパッチの影響を受けない可能性があります。

OPダニエルToebeは追加コメントで：

私のMacbookで問題が発生し、私は失敗することになり、別のコンピューターが事故でプロジェクトを後回しにしてしまいました。

変更を追加してコミットし、コミットしたばかりのファイルを削除したため、この問題が発生したと思います。これがあなたのケースに似ていると思われる場合は、以下の手順に従って再クローニングを保存し、変更を手動で追加することをお勧めします。

@sliderが示唆したように、リポジトリ内の.git / indexファイルを削除することで、この問題を修正することができました（パスを誤って入力したと思います）。

rm .git/index

次に、ローカルの変更を再度追加してコミットする必要がありました

git add -A
git commit -m "..."

その後、リモートでプッシュすることができました。

gitインデックスとは何ですか？どのように関連していますか？

Gitインデックスの扱いは何ですか？

gitの「インデックス」は、gitリポジトリにコミットするファイルを配置する場所です。

ファイルをgitリポジトリに「コミット」（チェックイン）する前に、まずファイルをgitの「インデックス」に配置する必要があります。

このファイルを削除することで、gitはリポジトリのインデックスを再作成し、新しいリポジトリを作成します。これで問題ありません。ローカルリポジトリのインデックスが再作成されるため、この問題は解決されます。

編集：これはMac関連（コメントに基づく）のようです。それが役に立てば、OSX 10.10とgitバージョン2.3.4をbrewでインストールできます。

プロジェクト用

rm .git/index
git reset

インデックスを削除した後、git resetでインデックスを再作成する必要があります

サブモジュールの場合：

メインプロジェクトフォルダに移動

rm .git/modules/your_project_structure/index
git reset --hard HEAD

プロジェクトからGitインデックスファイルを削除できます。プロジェクトのルートで、次のコマンドを実行します。

rm .git/index

そのgitの後で動作します。

別の解決策を試してみましたが、うまくいきました。以下は私のオプションです

#cd .git
#rm index
#cd ..
#git add .

これがサブモジュールで発生した場合

インデックスファイルは、親.gitディレクトリ内にあります。

.git/modules/your_project_structure/index

サブモジュールには、.git（少なくとも私が取り組んでいるプロジェクトでは）という名前のディレクトリはありません.git。そのプロジェクトのgitディレクトリを探す場所を（そしてgitに）伝えるファイルだけがあります。

Gitのステータスに、自分が行っていない変更が表示される

インデックスファイルを削除し、を実行したgit reset後、不可解な多くの変更に直面し、ハードリセットが役に立たなかった。

警告はすべての変更を失うので、続行する前にそれらをコミットしてプッシュしてください。

インデックスが壊れているように見えたので、次のコマンドを使用して削除しました。

git rm -rf --cached .
git reset --hard HEAD

Githubデスクトップクライアント（OSX）でこのエラーが発生しました。私がしたことはすべて、アプリを終了して再度開いただけであり、それが機能し始めました。