ここで正しい軌道に乗ってくれたfree3domに感謝します。
診断
Sync Project with Gradle Files
Android Studio のオプションは、Project Structure
ライブラリを最新に保つようです。

しかし、私の場合、いくつかのエラーがありました:

(あまり明確ではない)リンクを展開すると、詳細が表示されました。ワイヤーランタイムライブラリが間違った場所に表示されていました。

これは、JARをlibsフォルダーにインポートした元の構成からの二日酔いのようです。
dependencies {
compile fileTree(dir: 'libs', include: '*.jar')
}
その後、Maven Centralから直接インポートするように変更しました(ここを参照)。古い設定が新しい設定で上書きされることはなかったようです。
修正
修正は、ライブラリの依存関係をProject Structure
画面から削除してから、Sync Project with Gradle Files
もう一度削除することです。
もっと詳しく
を.idea/libraries/wire_runtime_1_2_0.xml
直接開くと、リソースに使用されているパスを確認することもできます。
私の壊れたものは:
<component name="libraryTable">
<library name="wire-runtime-1.2.0">
<CLASSES>
<root url="jar://$PROJECT_DIR$/MY_MODULE/libs/wire-runtime-1.2.0.jar!/" />
</CLASSES>
<JAVADOC />
<SOURCES />
ライブラリを削除して再度追加した後、次のように変更されましroot url
た。
<root url="jar://$USER_HOME$/.gradle/caches/artifacts-26/filestore/com.squareup.wire/wire-runtime/1.2.0/jar/44e7acbd5eb6f29698181dc3d67a60acf7efee80/wire-runtime-1.2.0.jar!/" />
更新
Android Studio v0.4.4 は、同じ症状を持つ他のバグを修正しているようです。古いバージョンをお持ちの場合は、アップグレードしてください。