回答:
2つの基本的な可能性があります。
まず、おそらく最大のものです。測光では、より広い角度でより多くのシーンが考慮され、シーンは十分に異なるため、露出の選択もそれに応じて異なります。これは、シーンに実際の光源または影の領域がある場合に特に当てはまります。使用している測光モードについては言及していませんが、評価測光（他のブランドのマトリックス測光）を使用している場合、カメラはシーンを認識して「スマート」な処理を試みますが、アルゴリズムはそれほど複雑ではありません。そして、小さな変化が時々カメラがそれが見ていると考えるものに大きな違いを引き起こす可能性があります。
次に、レンズのf値は同じですが、実際の透過率は異なります。これは「tストップ」で測定されます—詳しくはT番号/ Tストップとは何ですか？この特定のケースでは、EF 100mm f / 2.8 USMマクロとEF 28mm f / 1.8 USMを比較していると仮定すると、前者はF値が示すより暗めのストップの約半分、後者は3番目だけ暗いです。同じF値にあると仮定すると、2つの値の差はわずかですが、測光の変動に気付くほどです。（100mmのLバージョンを使用している場合、これもストップの3分の1ほど暗いので、違いはほとんどないはずです。）
メーターは、選択したメーターモードに応じてシーンに合わせて調整されます。カメラに応じて、フレーム全体、AFフレームの下のスポット、またはその間のどこかと同じくらい小さく測定できます。
28mmをオンにして、コーヒーテーブルで何かの写真を撮り、広い視野でテレビ（オンになっている）を撮影するとします。テレビからの光出力がメーターに影響している可能性があります。100mmレンズを装着すると、多くのシーン（テレビを含む）がトリミングされ、メーターには影響しなくなりました。
また、FストップとTストップには違いがあります。それらは通常かなり同等ですが、Tストップはレンズごとにわずかに異なる光の透過率を測定します。メーターが少しだけ動いている場合は、これが原因である可能性があります。
露出変更のもう1つの非常にもっともらしい理由は、f1.8で28mm 1.8を使用していて、100mm 2.8に変更した場合です。絞りはf2.8より大きくないため、露出を補正する必要があります。