Rのポリゴンレイヤーを使用して、ポリゴンレイヤーの真のGISクリップを実行する方法は？

一連の単一境界ポリゴンを使用して土壌ポリゴンのRで真のGISクリップを実行したいのですが、適切に実行するR関数が見つかりません。clipESRIのArcMapの関数と同じように機能するはずです。パッケージover内のメソッドを試しましたが、sppolys over polysでは機能しないようです。

1つの提案は、次のコードを使用して、gIntersectionin rgeosパッケージをクリップとして使用することです。

#------------------------------------
library(rgeos)
library(maptools)

#Read layers as SpatialPolygonsDataFrame (both the same Albers projection)
Soils_poly = readShapePoly("Soils_polygons")  #Note - Has 400 polygons
clipper_poly = readShapePoly("clipper_polygon")  #Note - Has 1 polygon

#Try gintersection as clip 
Clipped_polys = gIntersection(Clipper_Tile_poly, Soils_poly)

#-----------------------------------

これには、実行に5分かかり（速度が遅すぎる）、次のエラーが発生します。

RGEOSBinTopoFunc（spgeom1、spgeom2、byid、id、drop_not_poly、 "rgeos_intersection"）のエラー：TopologyException：-721459.77681285271 2009506.5980877089で発信dirEdgeが見つかりません

また、重複をチェックするためにこのコードを試しました。

gIntersects(Clipper_Tile_poly, Soils_poly)

そして結果は真でした。clipESRI ArcMapの関数は、このデータに対して正常に機能します。

空間ポリゴンを使用して空間ポリゴンで適切にクリップを行うR関数を知っている人はいますか？

@mdsummerが提供するヒントは、byid=TRUE正確に機能します。

以下の再現可能な例を参照してください。

library(rgeos)
library(sp)

#Create SpatialPlygons objects
polygon1 <- readWKT("POLYGON((-190 -50, -200 -10, -110 20, -190 -50))") #polygon 1
polygon2 <- readWKT("POLYGON((-180 -20, -140 55, 10 0, -140 -60, -180 -20))") #polygon 2

par(mfrow = c(1,2)) #in separate windows
plot(polygon1, main = "Polygon1") #window 1
plot(polygon2, main = "Polygon2") #window 2

polygon_set <- readWKT(paste("POLYGON((-180 -20, -140 55, 10 0, -140 -60, -180 -20),",
                     "(-190 -50, -200 -10, -110 20, -190 -50))"))

par(mfrow = c(1,1)) #now, simultaneously
plot(polygon_set, main = "Polygon1 & Polygon2")

clip <- gIntersection(polygon1, polygon2, byid = TRUE, drop_lower_td = TRUE) #clip polygon 2 with polygon 1
plot(clip, col = "lightblue")

GT <- GridTopology(c(-175, -85), c(10, 10), c(36, 18))
gr <- as(as(SpatialGrid(GT), "SpatialPixels"), "SpatialPolygons")
plot(gr)

clip2 <- gIntersection(clip, gr, byid = TRUE, drop_lower_td = TRUE)
plot(clip2, col = "pink")

また、ラスタパッケージを使用することもできますraster::intersect(spdf1, spdf2)。SpatialPolygonsDataFrameがある場合に属性を維持するという利点があります。

library(sp); library(rgeos)

coords1 <- matrix(c(-1.841960, -1.823464, -1.838623, -1.841960, 55.663696,
                55.659178, 55.650841, 55.663696), ncol=2)
coords2 <- matrix(c(-1.822606, -1.816790, -1.832712, -1.822606, 55.657887,
                55.646806, 55.650679, 55.657887), ncol=2)
p1 <- Polygon(coords1)
p2 <- Polygon(coords2)
p1 <- Polygons(list(p1), ID = "p1")
p2 <- Polygons(list(p2), ID = "p2")
myPolys <- SpatialPolygons(list(p1, p2))
spdf1 = SpatialPolygonsDataFrame(myPolys, data.frame(variable1 = c(232,
                                                               242), variable2 = c(235, 464), row.names = c("p1", "p2")))
coords1a <- matrix(c(-1.830219, -1.833753, -1.821154, -1.830219, 55.647353,
                 55.656629, 55.652122, 55.647353), ncol=2)
p1a <- Polygon(coords1a)
p1a <- Polygons(list(p1a), ID = "p1a")
myPolys1 <- SpatialPolygons(list(p1a))
spdf2 = SpatialPolygonsDataFrame(myPolys1, data.frame(variable1 = c(2),
                                                  variable2 = c(3), row.names = c("p1a")))

# works but drop the attributes
#gIntersection(spdf1, spdf2, byid=T)

#better to keep attributes
inter1=raster::intersect(spdf1, spdf2)

plot(spdf1, col="red")
plot(spdf2, col="yellow", add=T)
plot(inter1,col="blue", add=T)

このことを指摘し、サンプルコードを提供してくれたこの質問に感謝します。