テーブルのサイズは実際には問題ではなく、そのテーブルで実行しているクエリが問題になる可能性があります。
たとえば、user-metaテーブルに格納されたデータに基づいてユーザーを選択する場合、meta_valueはインデックス付きフィールドではないため、そのクエリは非常に最適化されません。その場合、追加のインデックスを追加する必要があるか、その特定のデータをカスタム分類法などの別の方法で保存することを検討する必要があります。
一般的に言って、メタとして保存するものは、排他的に検索するものであってはなりません。これは、WordPressのすべてのメタテーブルに適用されます。メタは主にmeta_valueではなくmeta_keyによって引き出されるように設計されています。分類法は、可能な値をセットに制限し、情報を異なる方法で編成するため、「値」が選択対象として数えられるとより効果的です。
mySQLは最初にmeta_keyに基づいてクエリを最適化し、検索できるデータの量を(うまくいけば)管理可能な制限に削減するため、meta_keyとmeta_valueの両方で選択しても、通常は問題ありません。これでも問題が発生した場合は、メタテーブルに新しいインデックスを追加することにより、インデックスにmeta_keyとmeta_valueの両方を追加することで「修正」できます。ただし、meta_valueはLONGTEXTであるため、そのインデックスの長さを適切なものに制限する必要があります。あなたのデータに応じて、20-30か何かのように。このインデックスは実際のデータよりはるかに大きくなる可能性があり、必要なストレージスペースが大幅に増えることに注意してください。ただし、これらのタイプのクエリでははるかに高速になります。これが本当に問題になる場合は、資格のあるDBAに相談してください。
参考までに、WordPress.orgには約1,100万人のユーザーが登録されています。メタの量はユーザーごとに異なり、おそらく1行あたり最低8行、最大で約250行です。usersテーブルは約2.5 GB、usermetaテーブルは約4 GBです。ほとんどの場合、問題なく実行されているようですが、時々、最適化しなければならない奇妙なクエリを見つけます。