回答:
複数のドメインがあり、異なるフォルダーにサイトを完全に分離することは、まったく問題ありません。あなたがそれらにリンクしない限り、検索エンジンはそれらの余分なフォルダーがそこにあることを知る方法がありません。Googleは、これらの2つのURLを完全に別のサイトと見なす必要があります。
悪い面は、programming.com / cookingへのリンクがある場合、これはの検索エンジンに表示され、programming.comではなく表示される可能性があることですcooking.com。
したがって、解決策は、へのリンクのみcooking.comです。（反対programming.com/cooking）に固執すれば問題はありません。
編集：私はどういうわけかあなたがドメインの代わりに新しいホスティングアカウントを購入することについて話していると思った。あなたができることはのようなサブドメインですcooking.programming.com。同じことをする必要があります。
関連のないサブフォルダを追加しても、サイトに既にあるもののランキングに影響を与える可能性はほとんどありません（「PageRank」には確かに影響はありませんが、とにかくそれほど注意する必要はありません）。
SEは一般にページに焦点を当てています。これは、サイト全体ではなく、結果で返されるものだからです。さらに、サイトのセクションを分離できるほどスマートです。これは良い効果をもたらす可能性があります。サブフォルダーが他の場所からリンクを取得した場合、その「ジュース」を親サイトに戻すことができます。
そうは言っても、サイトが数ページ以上の場合は、別のドメイン名（またはサブドメイン）を使用する価値があります。それらはかなり安価で、サイトが大きくなるとサイトを構築するのが簡単になります。