回答:
もちろんです。必要なGoogleサービスのみを使用し、残りは未使用のままにすることができます。それは単にDNSレコードの問題です。
Gmailを使用するには、正しいMXレコードを設定する必要があります。ウェブサイトにGoogleサイトを使用したくない場合は、何もする必要はありません。現在のウェブサイトは変更されませんが、Googleサイトはhttp://sites.google.com/aで利用できます。/yourdomain.com
Googleサイト(または他のGoogle Appsサービス)を完全に無効にする場合は、Google Appsコントロールパネルから無効にすることができます。