ファイルマネージャはブックマークをどこに保存しますか？

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pcmanfmとThunarでは、左側のバーにフォルダのブックマークを追加できます。

それらはシンボリックリンクとしてファイルシステムのどこかに保存されていますか？

他のアプリ（端末など）のブックマークも利用したいです。

file-manager

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いいえ、（少なくともpcmanfm）はシンボリックリンクとして保存されていません。次のよう.gtk-bookmarksに、プレーンテキストファイルのに保存されます。

file:///home/jason/Music Music
file:///home/jason/Videos Videos

— Jasonwryan
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PCManFMとThunarの両方をインストールしました。1つ目は、私のOSがLubuntu 12.10だからです。Thunarは最近インストールされました。ご指摘のとおり.gtk-bookmarks、PCManFMによってブックマークされた情報が保存され、Thunarによって読み取られ、使用されます。

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Thunarの新しい情報をいくつか紹介します。最近（おそらく2015-02）に変更されました。

以前の場所： ~/.gtk-bookmarks
現在位置： ~/.config/gtk-3.0/bookmarks

— ユーザー905686
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