回答:
同じではありません。VirtualBoxは「仮想マシン」です。つまり、内部のソフトウェアが実際のハードウェア上にあると考えるシステムを作成します。VirtualBoxは、Windows、MacOSX、Linux、SunOS(x86用)などを実行できます。これは、起動するとオペレーティングシステムになり、実行するアプリケーションをインストールする必要があります。VirtualBoxを使用すると、WindowsアプリはWindowsアプリのように見え、MacOSXアプリはMacOSXアプリのように見えます。
WineはMS-Windowsインターフェースのエミュレーターです。MS-Windows GUIプログラムがWinXP / Vista / Win7ではなくXWindowsで表示できるように、ウィンドウライブラリを模倣しています。これは環境ではなく、1つのプログラムしか実行できません(ただし、複数のwineアプリを起動できます)。標準のMSライブラリを模倣しているため、追加のライブラリが必要な場合、または標準ライブラリをバイパスして低レベルのライブラリ/インターフェイスにアクセスしようとする場合、すべてのWindowsプログラムがその下で実行できるわけではありません。Wineを実行すると、Windowsアプリのように見えなくなる可能性があります。
VirtualBoxはより多くのスペースをとります(ゲストOSのコピーを作成)が、Wineを使用するアプリよりもはるかに信頼性が高いです(通常、Wineのせいではなく、アプリのせいです)。また、サポートプログラム(Pageantを使用するPuttyなど)を必要とするアプリケーションがある場合、それはWineでは機能しませんが、VirtualBoxでは非常に適切に機能します。