scipyからAtlasを使用する

Ubuntu 12.04 64ビットをインストールしました。私はpythonとscipyで作業する必要があり、それらをインストールし、テストを実行するときに：

python -c "import scipy; scipy.test()"

私はメッセージを受け取ります：

ImportError：libatlas.so.3gf：共有オブジェクトファイルを開けません：そのようなファイルまたはディレクトリはありません

ただし、ディレクトリの下にlibatlasライブラリがインストールされてい/usr/lib/atlas-baseます。私はファイルを直接コピーできることを知っ/usr/libていますが、ライブラリを使用するためにscipyをどのようにセットアップできますusr/lib/atlas-baseか？

ubuntu python libraries

— lmsasu
ソース

クロスポストしないでください。

— カールソン

OK、今すぐ削除。

— lmsasu

回答:

どこにも何もコピーする必要はありません。

アトラスライブラリをld検索する場所のリストに追加する必要があります。

ディレクトリに/etc/ld.so.conf.dファイルを追加できますatlas-lib.conf。このファイルは、ディレクトリを含める必要がlibatlas.so.3gfあります、/usr/lib/atlas-base。

これを行うには、次を実行します

echo "/usr/lib/atlas-base" | sudo tee /etc/ld.so.conf.d/atlas-lib.conf

最後に実行

sudo ldconfig

ldこの新しいファイルを認識できるように更新します。

またはLD_LIBRARY_PATH、実行時にライブラリへのパスを含めるように設定できます。これは、SciPy内で使用できるはずです。

— カールソン
ソース

atlas-lib.confが助けになったかどうかはわかりませんが、LD_LIBRARY_PATHがうまくいきました。

— -lmsasu

@lmsasuそのファイルを作成するときsudo ldconfig、アクティブにするために実行する必要があります

— カールソン

ルートアクセスがない場合、最適なアプローチは何でしょうか。でそれを行うvirtualenv場合、その場合はどうしますか？

— アルバート

@Albert Using virtualenvは完全に独立したテーマですが、ルートアクセスがなくてもLD_LIBRARY_PATH、回答に記載されている適切な方法で設定できます。

— カールソン

この種のことは、numpy / scipyまたはlibatlas-devパッケージで処理する必要がありますか？システムnumpy 1.9.1が正常に動作する興味深い状況がありますが、virtualenvのnumpy 1.9.2はこの問題を示します。とにかく、あなたのソリューションはそれを修正しました。THX。

— -drevicko

私にとっては、virtualenvを使用してexport LD_LIBRARY_PATH=/usr/lib/atlas-base/:${LD_LIBRARY_PATH}、.bashrcファイルの最後で修正しました。

— シーランダー
ソース