@Ignacio Vazquez-Abramsの回答に基づいて、多くの典型的なユースケースをカバーするせっかちな人のための呪文を以下に示します。
ファイルのMIMEタイプを把握します。
xdg-mime query filetype somefile.pdf
になりapplication/pdf
ます。
デフォルトのアプリケーションを設定して処理します。
xdg-mime default qpdfview.desktop application/pdf
ここでは、PDFを処理するプログラムとしてqdfviewのデスクトップ定義を使用しています。