Rの開発ツールをインストールしてデジタル化する方法は？

私が必要とするデベロッパーツールを、私は、関数必要があるためinstall_githubを非CRANパッケージをインストールするデジタイズを ここに。私がインストールRした

sudo apt-get install r-cran-robustbase

terdonの答えが提案するように、私はすぐにRのパッケージをインストールしませんでしたが、許可を修正することができました：

sudo chmod 755 /usr/lib/R/site-library/

これがデフォルトの設定だと思います。次に、rcsの回答が示すように、インストールを成功させるためにdevtools、tpoisot/digitizeただし

sudo apt-get install libssl-dev
sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev
R
install.packages('httr')
install.packages('git2r')
install.packages('devtools')
library(devtools)
install.packages('readbitmap')
install_github('tpoisot/digitize')

最後のコマンドの出力は

Skipping install for github remote, the SHA1 (d16e28b9) has not changed since last install.
  Use `force = TRUE` to force installation

するがinstall_github('tpoisot/digitize', force = TRUE)、あなたは得るかもしれない

...
'/usr/lib/R/bin/R' --no-site-file --no-environ --no-save --no-restore --quiet  \
  CMD INSTALL '/tmp/RtmpX8eOLX/devtools57475d25a113/tpoisot-digitize-d16e28b'  \
  --library='/usr/local/lib/R/site-library' --install-tests 

Error: ERROR: no permission to install to directory ‘/usr/local/lib/R/site-library’
Error: Command failed (1)

なしでデジタル化をインストールする方法を見つけることができませんでしたsudo。だからsudo R、同じことを繰り返すと、

...
'/usr/lib/R/bin/R' --no-site-file --no-environ --no-save --no-restore --quiet  \
  CMD INSTALL '/tmp/RtmpAlAT4e/devtools57e864e8c490/tpoisot-digitize-d16e28b'  \
  --library='/usr/local/lib/R/site-library' --install-tests 

* installing *source* package ‘digitize’ ...
** R
** inst
** preparing package for lazy loading
** help
*** installing help indices
** building package indices
** testing if installed package can be loaded
* DONE (digitize)

なしで作業masiするには、既存のグループstaffに追加します。フレッシュインストールでも必要ですsudoR

sudo usermod -a -G staff masi

インストールのテスト

1. こちらのガイドに従います。私は開始Rに$HOME/Pictures/せずにsudo、そのテスト画像を使用してここに。

2. マウスで軸の4つの点を選択します cal = digitize::ReadAndCal('Rintro-snail1.jpg')

3. 実行しdata.points = digitize::DigitData(col = 'red')て、手動であなたのデータポイントがあるポイントを選択

4. 2回目のクリックでプロットウィンドウを閉じます。

5. しdf = digitize::Calibrate(data.points, cal, 0.1, 0.4, 0.0, 0.6)て見てdf

          x  y
   1  71.50 NA
   2  65.65 NA
   ...
   24 26.80 NA
   

   している head(df)

         x  y
   1 71.50 NA
   2 65.65 NA
   3 64.60 NA
   4 60.85 NA
   5 59.05 NA
   6 58.15 NA
   

インストールの詳細

• 中Rおよびなしsudo

  > .Library
  [1] "/usr/lib/R/library"
  > > .libPaths()
  [1] "/usr/local/lib/R/site-library" "/usr/lib/R/site-library"      
  [3] "/usr/lib/R/library"  
  

• ls /usr/lib/R/library/リストされていないコマンドdevtools。どうして？

  base       compiler   grid        methods   rpart    survival
  boot       datasets   KernSmooth  mgcv      spatial  tcltk
  class      foreign    lattice     nlme      splines  tools
  cluster    graphics   MASS        nnet      stats    translations
  codetools  grDevices  Matrix      parallel  stats4   utils
  

• コマンド ls -la /usr/local/lib/R/

  total 12
  drwxrwsr-x 3 root staff 4096 touko 19 22:25 .
  drwxr-xr-x 5 root root  4096 touko 19 22:25 ..
  drwxrwsr-x 2 root staff 4096 touko 19 22:25 site-library
  

• コマンド ls -la /usr/local/lib/

  total 20
  drwxr-xr-x  5 root root  4096 touko 19 22:25 .
  drwxr-xr-x 14 root root  4096 touko 19 22:13 ..
  drwxrwsr-x  4 root staff 4096 huhti 21 01:13 python2.7
  drwxrwsr-x  3 root staff 4096 huhti 21 01:08 python3.5
  drwxrwsr-x  3 root staff 4096 touko 19 22:25 R
  

• コマンド R_LIBS_USER="/usr/local/lib/R/site-library/" R

   R version 3.2.3 (2015-12-10) -- "Wooden Christmas-Tree"
   Copyright (C) 2015 The R Foundation for Statistical Computing
   Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
   ...
  

• library(devtools) ロードされます

微分ツール

• このプロジェクトはより人気があり、よりよく機能し ますhttps://github.com/markummitchell/engauge-digitizer

以前のバグの理由

• クリーンシステムなし：14.04、15.10などからアップグレードされたシステム
• 前のもののために権限/所有者を台無しにしました。
• プロセスの自分のミス。
• 障害が発生した場合のバックアップはありません。
• ...
• ドキュメントがありません

システム：Ubuntu 16.04 64ビットのクリーンインストール
ハードウェア：Dell PC 2013、Macbook Air 2013-mid、...

httropensslシステム要件として必要なパッケージをインポートしますlibssl-dev（sudo apt install libssl-dev）

------------------------- ANTICONF ERROR ---------------------------
Configuration failed because openssl was not found. Try installing:
 * deb: libssl-dev (Debian, Ubuntu, etc)
...

curlパッケージには、システム要件として必要ですlibcurl4-openssl-dev：

------------------------- ANTICONF ERROR ---------------------------
Configuration failed because libcurl was not found. Try installing:
 * deb: libcurl4-openssl-dev (Debian, Ubuntu, etc)
...

したがって、インストールするには、次のコマンドを実行する必要があります。

sudo apt-get install libssl-dev
sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev

次に、Rシェルを次のように起動しますsudo R。

install.packages('httr')
install.packages('git2r')
install.packages('devtools')
library(devtools)
install_github('tpoisot/digitize')

原則として、システムディレクトリの権限を変更するだけではありません。これがrootアクセスの目的です。権限を見つけた方法で戻し、次回の実行時sudo R、およびinstall.packages結果のルートRシェルから権限を戻します。

ここで、インストールできない理由は、表示される出力のすぐそこにあります。

ERROR: dependencies ‘httr’, ‘git2r’ are not available for package ‘devtools’

どうやら、RCSで説明したように、Ubuntuの上で、あなたがインストールする必要がありますlibssl-devし、libcurl4-openssl-dev最初。

次の問題は、ルートユーザーのRインストールが/usr/local/lib/R/site-libraryの出力の最初のディレクトリとして.libPathsあり、通常のユーザーのパスにはないことです。これはルートの最初のエントリなので、ライブラリがインストールされた場所です。

 Installing package into ‘/usr/local/lib/R/site-library’
(as ‘lib’ is unspecified)

したがって、簡単な解決策は、というファイルを作成して、~/.Rprofile次の行を追加することです。

.libPaths("/usr/local/lib/R/site-library/")

あるいは、またはさらに、次のような行を含めることができます

   .libPaths("/home/masi/Rlibs")

これにより、ライブラリをディレクトリにインストールし/home/masi/Rlibs （任意の名前を選択できます）、今後はの必要性を回避できsudo Rます。

または、環境変数R_LIBS_USERを/usr/local/lib/R/site-library/（または/home/masi/Rlibsライブラリがインストールされている場所に）に設定することもできます。この行をあなたに追加してください~/.profile：

R_LIBS_USER=/usr/local/lib/R/site-library/