回答:
キー/ apps / gnome-terminal / profiles / Default / background_typeでgconftoolを使用できます(「デフォルト」とは異なるプロファイル名を使用する必要がある場合があります):
gconftool -s -t string /apps/gnome-terminal/profiles/Default/background_type solid
gconftool -s -t string /apps/gnome-terminal/profiles/Default/background_type transparent
これはバージョン3.0.1でテストされましたが、コマンドは同じでなければなりません。