フォルダーに含まれる.gzファイルの抽出

約320116の.pdb.gzファイルを含むフォルダーがあります。それらをすべて圧縮解除します。gunzip * .gzを使用すると、エラー、つまり引数リストが長すぎます。フォルダーは約2GBです。適切な提案をお願いします。

find . -name '*.pdb.gz' -exec gunzip {} +

-exec gunzip {} +gunzipコマンドラインで多くのファイル名を提供しますが、多すぎません。これは、すべてのファイルに対して-exec gunzip {} \;新しいgunzipプロセスを開始するよりも効率的です。

「引数リストが長すぎます」というエラーが表示されるたびに、使用する引数のサブセットを使用して、目的のコマンドを複数回呼び出すことで回避できます。xargsそれを自動的に行うのに役立つツールです。

find . -type f -a -name \*.pdb.gz -print0 | xargs -0 gunzip

これはうまくいくと思う、各ファイルのパス/名前を個別にgunzipに渡して処理する：

find /my/dir -name "*.pdb.gz" -execdir gunzip "{}" \;

この方法を試してください：

find . -name '*.gz' -exec gunzip {} \;

マルチコアマシンを使用してgunzipいる場合、使用してもマシンの機能が最大限に発揮されない可能性があります。そのためには、複数gunzipのを並行して実行する必要があります。どちらの端末で手作業で行われているのかを追跡するのは面倒ですが、GNUパラレルで簡単に行うことができます。

find . -name "*.gz" | parallel -X gunzip {}

findサブフォルダーについては言及しなかったため、これを使用する必要はありません。あなたがする必要があるのは：

for f in *.gz;do gunzip $f;done