同様の問題があるこのスレッドを見つけました。バグレポートのタイトルは、「先頭またはzipファイル内に余分なバイト」を含む5.4GB ZIPでunzipが失敗することです。推奨される修正の1つは、.zipファイルでこのコマンドを使用することでした。
$ zip -FFv foo.zip --out fixed.zip
実行例
$ zip -FFv foo.zip --out fixed.zip
Fix archive (-FF) - salvage what can
 Found end record (EOCDR) - says expect single disk archive
Scanning for entries...
 Local ( 1      0): copying: d1/f1   (651734 bytes)
 Local ( 1 651817): copying: d1/d2/  (0 bytes)
 Local ( 1 651905): copying: d1/d2/f3   (80 bytes)
 Local ( 1 652083): copying: d1/f23   (891 bytes)
 Local ( 1 653021): copying: d1/f27   (8764 bytes)
 Local ( 1 661837): copying: d1/f24   (14818 bytes)
 Local ( 1 676709): copying: d1/f25   (17295 bytes)
...
 Cen   ( 1 5488799949): updating: d1/f13
 Cen   ( 1 5488800052): updating: d1/f14
Zip64 EOCDR found ( 1 5488800155)...
Zip64 EOCDL found ( 1 5488800211)...
EOCDR found ( 1 5488800231)...
$ echo $?
0
zipの-FFスイッチ
zipのmanページからの抜粋
       -FF
       --fixfix
              Fix the zip archive. The -F option can be used if some 
              portions of the archive are missing, but requires a reasonably 
              intact central directory.   The  input  archive is scanned as 
              usual, but zip will ignore some problems.  The resulting 
              archive should be valid, but any inconsistent entries will be 
              left out.
              When doubled as in -FF, the archive is scanned from the 
              beginning and zip scans  for  special  signatures  to  
              identify  the  limits between the archive members. The single 
              -F is more reliable if the archive is not too much damaged, so 
              try this option first.
              If  the archive is too damaged or the end has been truncated, 
              you must use -FF.  This is a change from zip 2.32, where the 
              -F option is able to read a truncated archive.  The -F option 
              now more reliably fixes archives with minor damage and the -FF 
              option is  needed to fix archives where -F might have been 
              sufficient before.
              ...
               
              
ftpバイナリモードではなくASCIIモードで転送され、いくつかのバイトが追加されたことです。ftpいずれかの段階で使用した場合はftp、「put」または「get」の前に「bin」コマンドを使用して、再度実行してください。