別のファイルにリストされているファイルからパターンを見つける

あるファイルにリストされているパターンを見つけ、別のファイルで見つけたい。2番目のファイルには、コンマで区切られたこれらのパターンがあります。

たとえば、最初のファイルF1には遺伝子があります

ENSG00000187546
ENSG00000113492  
ENSG00000166971

2番目のファイルF2には、これらの遺伝子といくつかの列（5列）が必要です。

 region     gene           chromosome  start       end

 intronic   ENSG00000135870 1   173921301   173921301
intergenic  ENSG00000166971(dist=56181),ENSG00000103494(dist=37091) 16 53594504    53594504
ncRNA_intronic  ENSG00000215231 5   5039185 5039185
intronic    ENSG00000157890 15  66353740    66353740

したがって、2番目のファイルにあるENSG00000166971遺伝子は、コンマで区切られた別の遺伝子を持っているため、grepには表示されません。

私のコードは：

grep -f "F1.txt" "F2.txt" >output.txt

それらの値の1つが存在しても、それらの値とそれに関連付けられたデータが必要です。これを行う方法はありますか？

どのバージョンgrepを使用していますか？私はあなたのコードを試して、次の結果を得ました：

$ grep -f file1 file2
ENSG00000187546
ENSG00000113492
ENSG00000166971,ENSG00000186106

一致する結果だけが必要な場合は、grepの-oスイッチを使用して、一致するもののみをレポートできます。

$ grep -o -f file1 file2 
ENSG00000187546
ENSG00000113492
ENSG00000166971

grepバージョン

$ grep --version
grep (GNU grep) 2.14
Copyright (C) 2012 Free Software Foundation, Inc.
License GPLv3+: GNU GPL version 3 or later <http://gnu.org/licenses/gpl.html>.
This is free software: you are free to change and redistribute it.
There is NO WARRANTY, to the extent permitted by law.

Written by Mike Haertel and others, see <http://git.sv.gnu.org/cgit/grep.git/tree/AUTHORS>.

F1.txtの迷走文字？

これをさらにデバッグしている間に、ファイルの2行目の終わりにいくつかの空きスペースがあることに気付きましたF1.txt。を使用して表示できますhexdump。

$ hexdump -C ff1
00000000  45 4e 53 47 30 30 30 30  30 31 38 37 35 34 36 0a  |ENSG00000187546.|
00000010  45 4e 53 47 30 30 30 30  30 31 31 33 34 39 32 20  |ENSG00000113492 |
00000020  20 0a 45 4e 53 47 30 30  30 30 30 31 36 36 39 37  | .ENSG0000016697|
00000030  31 0a                                             |1.|
00000032

ASCIIコード20として表示されます。ここで確認できます32 20 20 0a。