回答:
bansheeからエクスポートされたm3uを想定していて、Androidをマウントしている場合、次のようなことができます。
rsync -avu --files-from=yourlist.m3u <MUSIC_DIR> /media/ANDROID/<ANDROID_MUSIC_DIR>
例えば:
rsync -avu --files-from=yourlist.m3u "/home/user/Music" "/media/ANDROID/MUSIC"
--deleteを追加することもできます
rsync -avu --delete --files-from=yourlist.m3u "/home/user/Music" "/media/ANDROID/MUSIC"
シンプルなm3uでテストして機能しましたが、複雑なものには調整が必要な場合があります。