回答:
/etc/apt/apt.conf.d/99proxyファイルで次のように宣言するだけです:
Acquire::http::Proxy {
    your.local.first.repository DIRECT;
    your.second.first.repository DIRECT;
};
DIRECT リポジトリに接続するために直接接続を使用するようにaptに指示します。
これは@CédricJulienの回答であり、外部プロキシにデフォルト設定するための追加の構文があります(ありがとうございます)。
Acquire::http::Proxy "http://proxy:8080";
Acquire::http::Proxy {
    in-house.debian.example.com DIRECT;
    no-protocol-colon-or-slashes.example.com DIRECT;
};