UbuntuにRパッケージをインストールする推奨方法は何ですか？

私はubuntuのRにインストールしていますが、パッケージをインストールするための多くのオプションと少し混同しています。

従来の方法は、を実行してR内にインストールすることinstall.package()です。ただし、Ubuntuはでインストールする可能性を提供しますapt-get。OSはパッケージを常に更新するため、これは興味深いものです。使用できるパッケージは数個しかないため、遅かれ早かれ問題が発生します。最終的には、従来の方法でパッケージをインストールし、さまざまな方法でパッケージをインストールします。これにより、バージョンの問題が発生する可能性があります（？）。

UbuntuにRパッケージをインストールして保持するための好ましい方法は何ですか？

Ubuntuリポジトリで利用できるRパッケージは、R開発コアチームが管理しているパッケージだけだと思います。ほとんどのパッケージと同様に、aptまたはsynaptic から入手できるパッケージは、常に最新バージョンではありません。幸いなこと/etc/apt/sources.list.d/CRAN.listに、1行のテキストを含む新しいファイルを作成することにより、CRANが管理するソフトウェアソースを追加するオプションがあります。

deb http://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu trusty/

（trusty/ディストリビューションのコードネームに置き換えてください; lsb_release -cターミナルに入力することがわからない場合）。その後（とapt update）あなたのパッケージマネージャが常にインストール（または更新）になりますのCRAN-維持のバージョンr-base、r-base-coreなど、彼らはDebianのソース内のものよりも高いバージョン番号を持つことになりますので。レポジトリが署名されていないことに不満がある場合は、こちらをご覧くださいapt。

他のすべてのパッケージ（別名「貢献パッケージ」）install.packages(c("name_of_package", "name_of_other_package"))については、CRANのバージョンが古く、新しいバージョンに必要な機能があることを知らない限り、可能な限りR内にインストールすることを好みます。このような場合、GitHubからdevtools::install_github('AccountName/RepositoryName')アーカイブをインストールするか、アーカイブをダウンロードして、ターミナルウィンドウからR CMD INSTALL name_of_package.tar.gz、またはRからを介してインストールできますinstall.packages("/path/to/downloaded/package.tar.gz", repos=NULL, type="source")。

完全を期すために、ここにCRANからの公式ガイダンスがあります。

通常はapt-get r-cran、依存関係と更新をよりクリーンな方法で処理するため、可能な限り使用してインストールします。利用できない場合にのみ、R内からインストールを使用します。

R Debianパッケージには2つのリポジトリがあることに注意してください。

1. 公式R：いくつかのパッケージを提供します。含めるには、source.listファイルを更新するリポジトリへのリンクを追加する必要があります。これはCRAN-ubuntuページで文書化され、実行apt-get updateしてからアップグレードします

2. PPA：Michael rutterが提供するppa、cran2deb4ubuntuには、さらに多くのパッケージが含まれています。いくつかのドキュメントについては、このブログの最後を参照してください。実行する必要があります（更新/アップグレード後）：

    sudo add-apt-repository ppa:marutter/c2d4u
   

R 3.5.0ではリポジトリ名が変更され、Michael RutterによってプリコンパイルされたTask Viewsライブラリがcran2deb4ubuntu_3.5から利用可能になったことに注意してください。