私が今知っている唯一の方法は、gconfを使用することです。次に例を示します。デスクトップファイルの名前とパスを自分のものに置き換えます。私の場合は/home/ken/.local/share/applications/chrome-http___mail.google.com_a_vandine.org.desktopです。
gconftool --type string --set /desktop/unity/launcher/favorites/app-chrome-http___mail.google.com_a_vandine.org.desktop/desktop_file /home/ken/.local/share/applications/chrome-http___mail.google.com_a_vandine.org.desktop
gconftool --type list --list-type=string --set /desktop/unity/launcher/favorites/favorites_list $(gconftool --get /desktop/unity/launcher/favorites/favorites_list| sed "s/]//g"),app-chrome-http___mail.google.com_a_vandine.org.desktop]