回答:
回避策は、dconf
直接使用してフォントを設定することです。
# get your profile id
dconf list '/org/gnome/terminal/legacy/profiles:/'
# get your current font
dconf read '/org/gnome/terminal/legacy/profiles:/:PROFILE_ID/font'
# set the font, make sure you include those single quotes
dconf write '/org/gnome/terminal/legacy/profiles:/:PROFILE_ID/font' "'FreeMono 18'"
フォントキャッシュを更新すると、問題が解決する場合があります。次のコマンドを実行してみてください。
fc-cache -vf ~/.fonts