私もそれを見ました。
解決策はありませんが、回避策（echo 3 | sudo tee /proc/sys/vm/drop_caches）があり、誰かがさらに調査を進めることができるように、より多くの情報が含まれている可能性があります。
「パッケージリストを読み込んでいます...」では、ファイルを読み込んでいるだけなので、ネットワークの問題ではありません/var/lib/apt/lists/。A：
strace -tt -T -fo strace.log apt-get update
与える：
16394 14:43:03.921130 open("/var/lib/apt/lists/gb.archive.ubuntu.com_ubuntu_dists_precise_main_binary-i386_Packages", O_RDONLY|O_LARGEFILE) = 7 <0.000012>
[...]
16394 14:43:03.995238 read(6, "-3.1ubuntu2)\nConflicts: linux86\n"..., 32444) = 32444 <0.000111>
16394 14:43:05.787187 read(6, "c (<< 1:14.b.4-dfsg), erlang-exa"..., 32239) = 32239 <0.000069>
16394 14:43:05.788025 read(6, ".deb\nSize: 42130\nMD5sum: c7de671"..., 31695) = 31695 <0.000068>
16394 14:43:05.870734 read(6, "5: 29c4b395a92bdc12932f151c3643a"..., 31607) = 31607 <0.000071>
16394 14:43:05.890862 read(6, "e-pack-af-base\nFilename: pool/ma"..., 32538) = 32538 <0.000070>
16394 14:43:05.891425 read(6, "buntu-usb-live, ubuntu-dvd-live,"..., 32090) = 32090 <0.000066>
16394 14:43:05.891960 read(6, "cd9755b03ac2c9b8251125c7b6618\nDe"..., 32195) = 32195 <0.000034>
16394 14:43:06.043001 read(6, "rg>\nArchitecture: all\nVersion: 2"..., 32535) = 32535 <0.000072>
read個々のコールの所要時間が1ミリ秒未満であるにもかかわらず、これらの8つのシステムコールが2秒以上かかったことを確認してください。を実行time apt-get updateまたは見るとtop、そのプロセスはこれらの2つの呼び出しの間でビジーではありません。なぜ遅延なのか？
それから私はやった：
echo t > /proc/sysrq-trigger
数回との結果を見てkern.log：
apt-get D 00000000 0 16790 12706 0x00000000
e8695d30 00000086 f7bd5e6c 00000000 f7bd5e44 f74a6580 c1990e00 c1990e00
efe46efe 000042cb f7b9de00 e71a7230 f74a6580 c107e116 00000000 00000000
044aa200 00000000 00000000 00000000 00000000 e8695d0c e8695d0c c1038de8
Call Trace:
[<c107e116>] ? enqueue_entity+0x186/0x220
[<c1038de8>] ? default_spin_lock_flags+0x8/0x10
[<c15e13bd>] ? _raw_spin_lock_irqsave+0x2d/0x40
[<c15e0533>] schedule+0x23/0x60
[<c15deecf>] schedule_timeout+0x12f/0x290
[<c1075c38>] ? ttwu_do_activate.constprop.86+0x58/0x70
[<c1055190>] ? usleep_range+0x40/0x40
[<c15e0846>] io_schedule_timeout+0x86/0xd0
[<c15cef7d>] balance_dirty_pages.isra.17+0x3f5/0x4b4
[<c15e118d>] ? _raw_spin_lock+0xd/0x10
[<c1180781>] ? __set_page_dirty_buffers+0x81/0xb0
[<c110deb5>] ? set_page_dirty+0x55/0x60
[<c11812c9>] ? __block_page_mkwrite+0xe9/0x170
[<c110f3ae>] balance_dirty_pages_ratelimited_nr+0xde/0x100
[<c1126f53>] do_wp_page+0x503/0x830
[<c1128ef7>] handle_pte_fault+0x267/0x2c0
[<c1129c62>] handle_mm_fault+0x1e2/0x280
[<c15e4988>] do_page_fault+0x158/0x4c0
[<c104e4dc>] ? irq_exit+0x5c/0xa0
[<c15e22d0>] ? do_debug+0x180/0x180
[<c15e4830>] ? vmalloc_fault+0x195/0x195
[<c15e1c53>] error_code+0x67/0x6c
したがって、それが何を意味するのかはわかりませんが、ページフォールトの処理について調べているので、潜在的なメモリ管理の問題を指摘しています。
その後、私は試しました：
echo 3 >/proc/sys/vm/drop_caches
そして、それは問題を解決しました。
今、それは非常にカーネルの問題のように見えます。だから、私は最新のカーネル（から3.8バックポートraring）に更新しました。新しいカーネルでも問題が解決しない場合は更新されます。
編集
問題は新しいカーネルでも持続しますが、それほど悪くはありません。そして同じこと、
echo 3 | sudo tee /proc/sys/vm/drop_caches
しばらく問題をクリアします。MSIラップトップ（製品名：CR61 2M / CX61 2OC / CX61 2OD）でのみ発生します。
2015年12月編集
btrace aptitude/ によって確認されるように、その時点でapt-get何らかのディスクI / Oを実行しているように見えます。/var/cache/apt/pkgcache.bin.<random-chars>メモリにマップされた一時ファイル（）があるため、strace出力に表示されません。
それでも、なぜそれが一部のマシンでのみ起こるのか、なぜキャッシュをドロップするのが役立つのか、64ビットに切り替えるのが役立つのかを説明することはできません。
誰かがそれを再現できる場合、興味深いテストは、それが実行中に発生するeatmydataかどうか、または/var/cache/apt上に移動するtmpfsか、ラムディスクが役立つかどうかを確認することです。
sudo apt-get updateですか？