12.04 LTSで奇妙な問題があります。
~/.config/user-dirs.dirs
ファイルに何をしたかに関係なく、次回再度ログインすると、そのファイルはすべて$ HOMEのみに設定されます。そのファイルの内容を上書きするlightdmを使用してログイン中に何かが起こっています。
ログインして実行するxdg-user-dirs-update --force
と、ファイルの内容は問題ありません。ログアウト後もファイルは問題ありません。lightdmを使用して再度ログインすると、問題が発生します。
それはかなり迷惑です。