回答:
2つのアプローチは、内部ではまったく異なります。
両方を数日間使用した後、私は（少なくともこの開発段階では）Foggerを好みます。
Ubuntu Webアプリ
Ubuntu Web Appsは、お好みのブラウザー（FirefoxまたはChromium）を使用して、ブラウザープラグインを使用してサイトを表示し、ユニティランチャーにページ固有のショートカットを作成し、ユニティデスクトップ機能（通知、メッセージングメニュー、サウンドメニュー、ダッシュなど）にアクセスします。 。
これは、たとえば、Alt-Tabを使用して開いているアプリを順に切り替えると、Webアプリが単に別のブラウザーウィンドウとして表示されることを意味します。
また、別のブラウザーウィンドウを作成するのではなく、ブラウザーの新しいタブとしてWebアプリが開いているように見える場合もあります。
通常のすべてのブラウザー「Chrome」（ステータスバー、URLバー、ブックマークバー）もアプリのブラウザーウィンドウに表示されます。つまり、デスクトップアプリを使用しているように感じず、ブラウザーを明確に使用しています。
最後に、ブラウザにオプションがある場合、つまり誰かがすでに統合スクリプトを設定している場合にのみ、Webページを「統合」できます。
フォガー
Foggerは独自の新しいブラウザウィンドウを作成し、各Webアプリに新しいアプリケーションインスタンスを作成し、2種類のファイルを使用してWebページの動作をカスタマイズします。
ユーザースクリプト
ユーザースタイル
ユーザースタイルは、基本的には、ページの外観（FacebookのためのFogappを参照）をカスタマイズし、ページのCSSを上書きします。
ユーザスクリプトは、いくつかの方法でページの動作をカスタマイズすることができますJavaScriptファイルです。これらのユーザースクリプトの場合、FoggerはJavaScript APIを介してUnityデスクトップ機能を公開します。このアプローチの利点の1つは、ページがデスクトップアプリケーションのように感じられることです。ページには、Alt-Tabサイクルに独自のアイコンがあり、通常のブラウザーツールバーはありません。（私は混乱の欠如が好きです）。
Fogger の大きな利点は、任意のページをほんの数秒でオンザフライでFogappに変換できることです。視覚的な微調整が好きな人にとっては、Fogappのカスタムアイコンを使用する方が簡単です。また、Fogappは、適用可能なアイコン（たとえば、gmail）があるアイコンテーマを尊重します。
Foggerに不利な点がある場合、JavaScript APIがUnityデスクトップの多くの機能へのアクセスを（まだ）提供していない可能性があります。
要約すれば
「どちらが良いかわからない」カテゴリでは、2つのフレームワークはユーザーデータに対して非常に異なるアプローチをとります。
Ubuntu Web Appsはデータを集中化しようとします。Webアプリはデフォルトのブラウザーと同じデータプロファイルを使用するだけでなく、Gnomeの「オンラインアカウント」マネージャーを介してOSレベルでアカウントデータを一元化します。
噴霧器は、他の一方で、各アプリのデータを分離します。これにより、たとえば、ブラウザにGoogleへのサインインを維持しながら、Fogappを使用して、サインインせずにYouTubeをサーフィンできます（Googleの厄介なデータ収集を回避するため）。
また、同じサイトに複数のWebアプリを簡単に設定でき、それぞれが異なるユーザープロファイルを使用します。これは、複数のユーザーが同じコンピューターを使用していて、「Mary's Gmail」と「Bob's Gmail」に別々のアプリが必要な場合に特に役立ちます。また、1つのWebアプリのデータを簡単にクリアしながら、他のデータはそのままにしておくこともできます。
私の好みしたがって、現時点ではUnityのWebアプリがユニティデスクトップへのより深いアクセスを提供しているにもかかわらず、Foggerはより柔軟で満足できる統合を提供する と思います。
ただし、Foggerがユーザースクリプト用のAPIを拡張するのを妨げるものは何もありません。実際には、2つのアプローチが統合されていること（統一？）を見るのは素晴らしいことです。現在の違いは、アプリを作成するときに選択できる異なるオプションになっています。これは、競争が必要かどうかわからない1つの例です。
私は現在、Webアプリを調べた後、Foggerを試乗しています。ここにいくつかの違いがあります（私の観点から）
現在、LTSに完全にバックポートする計画がないため、ユーザーはPPAを介してのみWebアプリを取得できます。Foggerは現在USCで入手可能です。ただし、webアプリはubuntuとの統合が優れているようです。PPA（個人的な選択）に近づかないようにします
Unity Web Appsでサポートされるサイトの数は限られています（そのまま）、ただし、これらにはFacebook、Twitter、Pandora、Last.FM、GMail、およびYahoo!が含まれます。メール）統合の許可を求める通知バーが表示されます。 Foggerは、どのサイトをラップできるかについては無制限のようです（私はEvernoteやOLの写真エディターなどのアプリで使用しており、特に、高度な統合のレベルが不要で、Webアプリケーションをネイティブのように動作させたい場合に完全に機能しますデスクトップ1つ。
私が疑う設定は主観的だと私は確信しています。これらのツールがどちらも成熟するのを楽しみにしています。
彼らは多くの点で異なります。
Foggerは、好みのWebサイト用に個別のWebアプリを作成するアプリケーションです。基本的には、特定のページを読み込むアプリを作成します。ただし、デフォルトでは、ネイティブのUbuntuデスクトップと統合されません。
これは、webappsがUbuntuにより統合されている場所です。サイトの統合を選択すると、そのサイトはUbuntuデスクトップの一部になりました。
たとえば、foggerでFacebookアプリケーションを作成すると、アプリが作成されます。そのアプリを開くと、Facebookに接続するWebブラウザーでウィンドウが読み込まれます。ユーザースクリプトを使用すると、通知を受け取ることができます。新しいメッセージ、新しい通知（facebook）の場合、次のようなポップアップが作成されます1 New messages
しかし、facebookを統合すると、デスクトップに正確なメッセージを表示できます。共感が自動的にアクティブになるので、それを使って返信できます。（フォガーでは、基本的にはWebページであるウィンドウを介して返信する必要があります。）
統合Libre.fmすると、rhythmboxで音楽を再生できます。ただし、フォガーアプリを作成すると、ブラウザー経由で再生されます。
はっきりしない場合は、両方をインストールすることをお勧めします。違いを簡単に見つけることができます。