回答:
できません。
できることは、別のtty(画面)で新しいXセッションを開始することです。これにより、最初のセッションで実行されているアプリはそのままになります。(これは、一部のディスプレイマネージャー[KDMなど]が、同じ物理ディスプレイ/キーボードを使用して異なるユーザーの複数のログインを許可する方法です。)
ソース:http : //www.linuxquestions.org/questions/linux-desktop-74/how-to-restart-x-without-having-to-close-connected-applications-689430/
Xを再起動すると、X経由で起動したアプリは強制終了されます。それを避けることはできません。