DNAシーケンサーの問題


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私は最近、MinION USBゲノム(DNA)シーケンサーを入手しましたが、残念なことにUbuntuで正しく機能していないようです。

Ubuntuの12.04リリースを使用しています。シーケンサーは、付属のスクリプト/ドライバーによって適切に検出されますが、サンプルを検出できないようです。

プロセスのスクリーンショットを添付しています。どんな助けも大歓迎です!

ここに画像の説明を入力してください


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rootとしてプログラムを収集するスクリプト/サンプル実行してみてくださいgksu
ζ-- -復活モニカ

デバイスは/ var / log / syslogなどに有用なメッセージを投げますか?
クリスチャン

回答:


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デバイスがスクリプトによって適切に検出されると、問題はUbuntuの問題ではなく、遺伝子シーケンサー側にある可能性が高くなります。他の機能、おそらくキャリブレーションルーチンのためにシーケンサーと通信できる他のユーティリティはありますか?Ubuntuがマシンと通信して他のことを実行できるようになった場合、問題はコンピューターではなく遺伝子シーケンサーにあると予想されます。別の可能なテストは、利用可能なソフトウェアがある場合、別のオペレーティングシステムを使用してみることです。最後に、シーケンサーに最新のファームウェアがあり、接続に使用しているソフトウェアが最新であることを確認してください。


私が推測しようとしている別のことがあります。つまり、シェルから実行すると、優先度が最大にならない場合があります。これは、グリッドで許可される前に完全な認証を必要とするオックスフォードのナノポアシーケンサーです。彼はサンプルを実行してアクセスするための十分な情報を持っていません-それは私が思うことです。
all4naija

これは自己完結型のDNAシーケンサーです。インターフェースは、提供されたスクリプトが通信している通常のUSBシリアルポートアダプターである可能性が高く、適切に動作しているようです。問題はおそらくシーケンサーの問題であり、コンピューターとのインターフェースではないことに同意します。GridIONは「クラウドコンピューティング」プラットフォームではなく、より大きな仕事のための遺伝子シーケンサーの並列アレイです。
エイドリアン


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ワイルドな推測:許可の問題でしょうか?一部のデバイスは、通常のユーザーとして実行すると一部の操作でroot正常に機能しますが、他の操作を実行するには特権が必要です。したがって、それがsudo ./gseq役立つかどうか試してみてください。これで問題ないが、root常に実行したくない場合は、デバイスファイルを追跡し、そのアクセス許可を変更して、通常のアカウントを使用してデバイスにアクセスできるようにします。これにはおそらくudevルールの作成が含まれます。このソリューションは少し長めなので、ここでは詳しく説明しません。


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デバイスの寿命が6時間を超えている可能性はありますか?デバイスエラーまたはプロセスの問題の可能性が高いようです。プログラムがデバイスと通信しているように見えるため、この問題を解決するための主な連絡先はMinIONテクニカルサポートになります。

クリス

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