回答:
はい、それがデフォルトのアクションです。
これはFirefoxでオーバーライドできますが、そのままではgconf設定
/desktop/gnome/url-handlers/apt/commandが使用されます。デフォルトでは、そのコマンドはapturl "%s"です。
これは、グラフィカルツールを使用するかgconf-editor、コマンドラインから変更できます。  
gconftool --set --type=string /desktop/gnome/url-handlers/apt/command 'software-center "%s"'
これにより、ソフトウェアセンターで適切なURLが処理されます。

/desktop/gnome/url-handlers/apt/commandはに設定されていsoftware-center "%s"ます。フレッシュインストールではありません。9.04から10.10にアップグレードしましたが、変更しませんでした。いずれにせよ、それはgconfキーを指摘するためです。私は実際にそれを変更したいsoftware-centerのapturl通りsoftware-centerとてもゆっくりとこちらを開きます。