回答:
参考までに、mimeopenはコマンドラインから設定するのに役立つことがわかりました。
特定のプログラムで開くファイルの種類を設定するには、次のようにmimeopenを使用します。
mimeopen .<file-extension>
尋ねられたら、メニューに表示されている場合はプログラムを選択します。mplayerが利用できなかったため、#2を選択しました。
Please choose a default application for files of type video/x-matroska
1) Movie Player (totem)
2) Other...
use application #2
use command: mplayer
Opening ".avi" with mplayer (video/x-matroska)
MPlayer svn r34540 (Ubuntu), built with gcc-4.6 (C) 2000-2012 MPlayer Team
mplayer: could not connect to socket
mplayer: No such file or directory
Failed to open LIRC support. You will not be able to use your remote control.
Playing .avi.
File not found: '.avi'
Failed to open .avi.
Exiting... (End of file)
さて、GUI経由で.aviファイルを開くと、デフォルトではmplayerで開きます。