Ubuntu Xenial(16.04)のR 3.5.0インストールパッケージは、ubuntuミラーサイトにはまだ存在しません。ubuntu xenialでRを3.5.0に更新する別の方法はありますか?または、Rを3.5.0に更新する別の方法がありますか?
Ubuntu Xenial(16.04)のR 3.5.0インストールパッケージは、ubuntuミラーサイトにはまだ存在しません。ubuntu xenialでRを3.5.0に更新する別の方法はありますか?または、Rを3.5.0に更新する別の方法がありますか?
回答:
C 3.5のパッケージの一部にはR 3.5でのビルドに問題があるため、R 3.5は現在PPAからのみ利用可能です。
私のために働いた手順は次のとおりです。
r-cran-*
システムからすべてのパッケージを削除します(YMMV、私は通常ソースからパッケージをインストールしていますが、これらはほとんどありません)
dpkg -l | grep r-cran-
Michael RutterのPPAを追加します。
sudo add-apt-repository ppa:marutter/rrutter3.5
sudo apt-get update
Rをアップグレード
sudo apt install r-api-3.5
必要なすべてのパッケージをソースから(個人またはサイトライブラリにを介してinstall.packages()
)インストールするか、対応するr-cran-*
Ubuntuパッケージをインストールします。
次のスクリプトを使用して、R 3.4の個人用サイトライブラリからパッケージをすべて再インストールします。
installed <- rownames(installed.packages())
pkgs <- dir("~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4")
new <- setdiff(pkgs, installed)
new
install.packages(new)
複数のCPUを搭載したマシンがある場合、次のようにプロセスを高速化できます。
install.packages(new, Ncpus = 6)
R-SIG-Debianメーリングリストでの同様の問い合わせに対して、Dirk Eddelbuettelから返信する
Ncpus = 6
回答から削除することをお勧めします。特に(i)コピー/貼り付けの前にコードを完全に読み取れない人にとっては、予期しない速度低下につながる可能性があります。(ii)これをパソコンで行います。このオプションは、回答には必要ありません。
Ncpus = 6
弱いマシン上で遅いかもしれないが、その後、誰もが、少なくともコードをスキャンせずにコピー&ペーストしないはずです。
CRANサイトは、6月上旬の@krlmlrの応答以降、https://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu/で更新されました。
CRAN命令にはいくつかのステップがありますが、要約は、sources.list
ファイルはバージョン3.5.xおよび3.6.xに固有のリポジトリを参照する必要があるということです。エントリは次のようなものです
deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu xenial-cran35/
の前の(バージョンレス)エントリの代わりに
deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu xenial/
Webサイトからの関連する説明(最終的に変更されます):
i386およびamd64上のUbuntuのR 3.6パッケージは、Ubuntuの公式のサポート終了日まで、ほとんどの安定したUbuntuリリースで利用できます。ただし、完全にサポートされているのは最新の長期サポート(LTS)リリースのみです。2018年11月18日の時点で、サポートされるリリースはXenial Xerus(16.04; LTS)、Trusty Tahr(14.04; LTS)、Bionic Beaver(18.04; LTS)、Cosmic Cuttlefish(18.10)、およびDisco Dingo(19.04)です。R 3.6パッケージをインストールするには、別のsources.listエントリが必要です。詳細は以下をご覧ください。Rはバージョン3.6に移行しましたが、互換性のために、sources.listエントリはまだcran3.5指定を使用しています。
2019-05-13の編集:先月のR 3.6.0のリリースの更新。
xenial-cran35/
Mintなど、Ubuntu上で動作する一部のディストリビューションの場合のように、aptに「デフォルトリリース」が設定されている場合、レポのバージョンは動作しません。私のMintディストリビューションには、/etc/apt/apt.conf.d/01ubuntu
内部に宣言されているファイルがあります。Default-Release "xenial";
これは、r-baseがバージョン3.2のubuntuレポに存在するため、リリース「xenial」で、3.6ブランチを使用しないことを意味しますそのレポのリリース名は「xenial-cran35」であるため、他のレポ。デフォルトのリリースを「xenail-cran35」に変更するためにそのファイルを編集するか、apt設定ファイル(https://wiki.debian.org/AptPreferences#A.2Fetc.2Fapt.2Fpreferences)を使用してさらに指摘したことを行う必要があります。
これは基本的に、レポジトリのフォーマットが不適切であるというRの責任です。リポジトリには2つのリポジトリがあり、各リポジトリには「xenial」リリースフォルダ、3.2ブランチ作業用のURL、3.5 +ブランチ作業用のURLがあります。代わりに、レポジトリが1つあり、代わりに「リリース名」をろくでなしにしています。これはたまたまベースUbuntuで機能しますが、この方法でaptの非ベース設定がある場合は機能しません。
これは現在次のようにする必要があります。
sudo apt purge r-base* r-recommended r-cran-*
sudo apt autoremove
sudo add-apt-repository 'deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/'
sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9
sudo apt update
sudo apt install r-base-dev
「bionic」は、ubuntuのバージョンに変更できます。Rのドキュメントを確認してください:https : //cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu/