UbuntuのR 3.5.0


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Ubuntu Xenial(16.04)のR 3.5.0インストールパッケージは、ubuntuミラーサイトにはまだ存在しません。ubuntu xenialでRを3.5.0に更新する別の方法はありますか?または、Rを3.5.0に更新する別の方法がありますか?


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このチュートリアルをご覧になりましたか?著者は明示的にどこにでもそれを言っていないが、これらは3.5をインストールするための方向である
喜ジン

ここで試してみてください:askubuntu.com/questions/862403/...
valiano

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@Emily:リンクしたチュートリアルは、ソースからRをインストールすることです。
krlmlr

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@valiano:これは別の質問に答えます。
krlmlr

回答:


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C 3.5のパッケージの一部にはR 3.5でのビルドに問題があるため、R 3.5は現在PPAからのみ利用可能です。

ご自身の責任で進めてください。

私のために働いた手順は次のとおりです。

  1. r-cran-*システムからすべてのパッケージを削除します(YMMV、私は通常ソースからパッケージをインストールしていますが、これらはほとんどありません)

    • で検索 dpkg -l | grep r-cran-
  2. Michael RutterのPPAを追加します。

    sudo add-apt-repository ppa:marutter/rrutter3.5
    sudo apt-get update
    
  3. Rをアップグレード

    sudo apt install r-api-3.5
    
  4. 必要なすべてのパッケージをソースから(個人またはサイトライブラリにを介してinstall.packages())インストールするか、対応するr-cran-*Ubuntuパッケージをインストールします。

    次のスクリプトを使用して、R 3.4の個人用サイトライブラリからパッケージをすべて再インストールします。

    installed <- rownames(installed.packages())
    pkgs <- dir("~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4")
    new <- setdiff(pkgs, installed)
    new
    install.packages(new)

    複数のCPUを搭載したマシンがある場合、次のようにプロセスを高速化できます。

    install.packages(new, Ncpus = 6)
    

参照資料


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上記の方法は、私にとって完全に正しく機能しました。(Krlmlrに感謝します。)Ubuntuを使用していない人のための2つの追加提案:1. sudo apt-get remove r-cran- *を使用して以前のr-cran- *パッケージを削除します。 sudo apt-get更新
ラリー

上記の方法は、私にとって完全に正しく機能しました。(Krlmlrに感謝します。)Ubuntuを使用していない人のための2つの追加提案:1. sudo apt-get remove r-cran- *を使用して以前のr-cran- *パッケージを削除します。実行前にsudo apt-get更新:sudo apt install r-api-3.5
ラリー

@ラリー:ありがとう。投稿を編集できますか?
-krlmlr

@krlmlr Ncpus = 6回答から削除することをお勧めします。特に(i)コピー/貼り付けの前にコードを完全に読み取れない人にとっては、予期しない速度低下につながる可能性があります。(ii)これをパソコンで行います。このオプションは、回答には必要ありません。
fridaymeetssunday

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@fridaymeetssunday:コメントを追加しました。それは同意Ncpus = 6弱いマシン上で遅いかもしれないが、その後、誰もが、少なくともコードをスキャンせずにコピー&ペーストしないはずです。
-krlmlr

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CRANサイトは、6月上旬の@krlmlrの応答以降、https://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu/で更新されました。

CRAN命令にはいくつかのステップがありますが、要約は、sources.listファイルはバージョン3.5.xおよび3.6.xに固有のリポジ​​トリを参照する必要があるということです。エントリは次のようなものです

deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu xenial-cran35/

の前の(バージョンレス)エントリの代わりに

deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu xenial/

Webサイトからの関連する説明(最終的に変更されます):

i386およびamd64上のUbuntuのR 3.6パッケージは、Ubuntuの公式のサポート終了日まで、ほとんどの安定したUbuntuリリースで利用できます。ただし、完全にサポートされているのは最新の長期サポート(LTS)リリースのみです。2018年11月18日の時点で、サポートされるリリースはXenial Xerus(16.04; LTS)、Trusty Tahr(14.04; LTS)、Bionic Beaver(18.04; LTS)、Cosmic Cuttlefish(18.10)、およびDisco Dingo(19.04)です。R 3.6パッケージをインストールするには、別のsources.listエントリが必要です。詳細は以下をご覧ください。Rはバージョン3.6に移行しましたが、互換性のために、sources.listエントリはまだcran3.5指定を使用しています。


2019-05-13の編集:先月のR 3.6.0のリリースの更新。


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xenial-cran35/Mintなど、Ubuntu上で動作する一部のディストリビューションの場合のように、aptに「デフォルトリリース」が設定されている場合、レポのバージョンは動作しません。私のMintディストリビューションには、/etc/apt/apt.conf.d/01ubuntu内部に宣言されているファイルがあります。Default-Release "xenial"; これは、r-baseがバージョン3.2のubuntuレポに存在するため、リリース「xenial」で、3.6ブランチを使用しないことを意味しますそのレポのリリース名は「xenial-cran35」であるため、他のレポ。デフォルトのリリースを「xenail-cran35」に変更するためにそのファイルを編集するか、apt設定ファイル(https://wiki.debian.org/AptPreferences#A.2Fetc.2Fapt.2Fpreferences)を使用してさらに指摘したことを行う必要があります。

これは基本的に、レポジトリのフォーマットが不適切であるというRの責任です。リポジトリには2つのリポジトリがあり、各リポジトリには「xenial」リリースフォルダ、3.2ブランチ作業用のURL、3.5 +ブランチ作業用のURLがあります。代わりに、レポジトリが1つあり、代わりに「リリース名」をろくでなしにしています。これはたまたまベースUbuntuで機能しますが、この方法でaptの非ベース設定がある場合は機能しません。


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これは現在次のようにする必要があります。

sudo apt purge r-base* r-recommended r-cran-*
sudo apt autoremove
sudo add-apt-repository 'deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/'
sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9
sudo apt update
sudo apt install r-base-dev

「bionic」は、ubuntuのバージョンに変更できます。Rのドキュメントを確認してくださいhttps : //cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu/

/programming//a/56378217/4549682

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